Le taux de faux positif des tests du Covid-19 pourrait être supérieur à 5% ! Des microbiologistes conseillent dans le BMJ de cesser de faire un dépistage massif dans le contexte d'une faible prévalence de l'épidémie

Un rapport de l'Office gouvernemental pour la science, publié en juin pour Sage, a estimé que le taux de faux positifs pouvait atteindre 2,3 %, ce qui donne une spécificité de 97,7 %.

Mais selon la journaliste scientifique, Sarah Knapton du Telegraph,(traduction française), une étude récente du British Medical Journal (BMJ) a suggéré que le taux de faux positifs pourrait être "encore pire autour de 5%".

Une équipe de microbiologistes écossaise semble confirmer dans un article du British Medical Journal (BMJ) que le taux de faux positif pourrait être encore plus important et cela d'autant plus que l'on se situe dans le cadre d'une faible prévalence de l'épidémie, comme actuellement en Europe. Les auteurs de l'étude ci-dessous recommande de cesser de faire des tests massifs qui n'ont aucune signification lorsque la prévalence de la maladie est faible car elle contribue à donner l'illusion d'une épidémie et amène à prendre des mesures contre-productives :
"Nous recommandons que les stratégies de dépistage soient plus souples et que les décisions relatives au dépistage des différentes populations soient flexibles et répondent à l'évolution de la prévalence dans la communauté/le milieu étudié. Le dépistage à grande échelle en période de faible prévalence peut faire plus de mal que de bien et certaines de ces stratégies devraient être temporairement suspendues. Certaines de ces stratégies sont susceptibles d'être plus bénéfiques en interrompant la transmission pendant les périodes de forte prévalence. Nous proposons qu'elles soient rétablies lorsque la prévalence dans la communauté ou dans des milieux particuliers justifie une telle approche."

Enfin l'équipe de scientifiques écossaise, signale que la spécificité des tests par PCR dépend du niveau d'exigence demandé. Si l'on est positif pour un seul gène ou si on l'est pour plusieurs. Ceux qui avaient un faible niveau de positivité (positif pour un seul gène viral au lieu de 2 ou 3) se retrouvaient dans une grande majorité des cas être des faux positifs : 19 cas sur 26 cas testés initialement positifs (avec un faible niveau de positivité à savoir un seul gène détecté) se sont avérés négatifs après re-test. Enfin. à cela s'ajoute le fait que du matériel viral résiduel (infection peu récente) peut donner un test positif alors que le sujet n'a plus la maladie. 

Selon Sarah Knapton du Telegraph,(traduction française), "un grand nombre de faux positifs se glissera dans les dossiers lorsque le nombre de cas sera très faible et que les tests resteront très élevés" ce qui pourrait donner l'illusion artificielle d'une épidémie qui n'en finira plus car dépendante du nombre de tests effectués.  Les faux positifs pourraient fausser considérablement les chiffres actuels des tests.
- La faille statistique qui signifie que la pandémie de coronavirus pourrait ne jamais prendre fin officiellement (The Telegraph)

------

Une Réponse rapide à l'article Interprétation d'un test du Covid-19, faible prévalence et impact des résultats faussement positifs
Article originel : Rapid response to:Interpreting a covid-19 test result
Par Brendan Healy et al.,
British Medical Journal, 31.07.20
(Traduction SLT : certains passages ont été soulignés par nous)

Cher rédacteur en chef,

Nous avons lu avec grand intérêt l'article sur l'interprétation des résultats du test Covid-19, à savoir les implications que peuvent avoir les résultats faussement positifs et faussement négatifs sur les patients [1].

Nous vous écrivons pour vous faire part de l'analyse des résultats positifs dans notre Conseil de santé du 20/6/2020 au 21/7/2020, pendant une période de très faible prévalence dans ce domaine. Au cours de cette période, 31 écouvillons de gorge ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (RT-PCR) sur un certain nombre de plateformes (Seegene (n=15), Cepheid (n=15), Luminex (n=1)). Ces plateformes utilisent une combinaison de cibles comprenant les gènes N et E (Cepheid et Luminex) et les gènes N, E et RdRp (Seegene).

Nos résultats montrent que 26/31 étaient positifs à faible niveau (valeur CT >35) dans un seul gène et cinq étaient positifs pour plus d'un gène : trois étaient positifs pour deux gènes (Cepheid n=2, Seegene n=1), et deux positifs pour trois gènes (Seegene).

Sur les 26 résultats positifs de faible niveau pour un seul gène, 19 ont été répétés et tous les 19 ont été négatifs lors de la répétition des tests. Sur ces 26, 17 étaient asymptomatiques et ont subi un dépistage pour les indications suivantes : préopératoire (5), résidents de maisons de repos (5), liste d'attente de transplantation (3), pré-départ (2), pré-livraison (1), et travailleur clé de maison de repos (1).

Neuf des 26 patients étaient symptomatiques. Les valeurs seuils (Ct) chez ces patients variaient de 36 à 43, avec un score moyen de 39,5. L'un d'entre eux avait déjà eu un résultat positif et ce résultat reflétait probablement du matériel génétique résiduel. Cinq personnes symptomatiques ont été testées à nouveau et tous les nouveaux tests ont été négatifs. Deux ont été testés le même jour, un le lendemain, un après cinq jours et un après huit jours.

Cinq étaient positifs pour plus d'un gène. Deux étaient des patients asymptomatiques avant leur sortie. L'un d'entre eux était très probablement un vrai cas positif. Il était asymptomatique au moment du prélèvement mais était symptomatique à l'admission avec des modifications du CXR et une lymphopénie. Son test initial négatif au moment de l'admission était probablement un faux négatif. L'autre personne asymptomatique était asymptomatique au moment du prélèvement et s'est révélée négative lors de nouveaux prélèvements le même jour et deux jours plus tard. Cependant, il était positif trois mois plus tôt et était positif aux anticorps et nous pensons donc que le résultat positif reflète probablement la présence d'ARN résiduel. Trois d'entre eux étaient symptomatiques. Un était positif dans deux gènes et deux étaient positifs dans trois gènes. Au total, il y a eu 12 patients symptomatiques (neuf étaient positifs pour un seul gène, trois pour plus d'un gène).
 

Plusieurs implications potentielles importantes pour les résultats positifs de faible niveau pour un seul gène ont été reconnues. Les patients en attente d'une greffe ont été retirés de la liste pendant deux semaines. Certains des patients examinés avant l'opération ont vu leur opération retardée. Les patients sélectionnés avant leur sortie de l'hôpital ont été maintenus à l'hôpital, inutilement dans de nombreux cas. Tous les résultats faiblement positifs, probablement faux, des résidents et du personnel des maisons de retraite ont généré une activité supplémentaire, y compris au minimum un réenlèvement de l'aiguille, mais aussi le déclenchement d'un suivi des résidents et du personnel dans certains cas. Il est également possible que ces résultats aient un impact négatif sur les niveaux de personnel et les transferts à l'intérieur et à l'extérieur de la maison, et qu'ils distraient les patients des autres éléments de soins. Ces conséquences négatives des résultats faussement positifs sont proportionnellement plus problématiques lorsque la prévalence est faible.
 

La prévalence est une mesure de la fréquence d'une maladie dans une population à risque donnée à un moment ou une période spécifique [2]. Elle mesure la charge de morbidité pour la population spécifiée [2]. La prévalence affecte la probabilité de présence d'une maladie avant le test et a donc un impact sur la valeur prédictive positive (VPP) (la probabilité que les sujets ayant un test positif soient réellement atteints de la maladie) et la valeur prédictive négative (VPN) (la probabilité que les sujets ayant un test négatif ne soient pas réellement atteints de la maladie) [3]. Plus la prévalence augmente, plus la VPP augmente, mais la VPN diminue. De même, lorsque la prévalence diminue, la VPP diminue tandis que la VPN augmente [3]. Les effets indésirables associés aux résultats faussement positifs seront proportionnellement plus importants en période de faible prévalence [3]. La COVID19 représente un défi unique car la prévalence de la maladie évolue en temps réel et en fonction des mesures de prévention, principalement le confinement. Cette prévalence changeante a un impact sur les stratégies de dépistage et l'interprétation des résultats. Elle permet également aux cliniciens de constater en temps réel les effets de la prévalence et l'interprétation des résultats en fonction de la VPP et de la VPN.

Il ne faut pas ignorer le préjudice causé par les résultats faussement positifs et il faut tenir compte des conséquences négatives potentielles en période de faible prévalence lors de la prise de décision sur les stratégies de dépistage. Nous recommandons que les stratégies de dépistage soient plus souples et que les décisions relatives au dépistage des différentes populations soient flexibles et répondent à l'évolution de la prévalence dans la communauté/le milieu étudié. Le dépistage à grande échelle en période de faible prévalence peut faire plus de mal que de bien et certaines de ces stratégies devraient être temporairement suspendues. Certaines de ces stratégies sont susceptibles d'être plus bénéfiques en interrompant la transmission pendant les périodes de forte prévalence. Nous proposons qu'elles soient rétablies lorsque la prévalence dans la communauté ou dans des milieux particuliers justifie une telle approche.

Références

1. Watson, J, Whiting, P.F, Brush, J.E. Interprétation d'un résultat de test covid-19. BMJ. 2020;369(m1808) (11 mai 2020).
2. Tenny S, Hoffman MR. Prévalence. [Mis à jour le 27 avril 2020]. Dans : StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL) : StatPearls Publishing ; 2020 Jan-. Disponible à l'adresse suivante : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK430867/
3. Parikh R, Mathai A, Parikh S, Chandra Sekhar G, Thomas R. Understanding and using sensitivity, specificity, and predictive values. Indian Journal of Ophthalmology. 2008;56(1):45

Pour des raisons indépendantes de notre volonté, nous avons encore des difficultés à publier nos billets et nos articles. Cet article a été bloqué pendant 15 minutes avant d'apparaître sur la page d'accueil. Pour toute question ou remarque merci de nous contacter à l'adresse mail suivante : samlatouch@protonmail.com.

Pour savoir pourquoi nous avons dû changer d'e-mail : cliquez ici.
----

Les articles du blog subissent encore les fourches caudines de la censure cachée via leur déréférencement par des moteurs de recherche tels que Yahoo, Qwant, Bing, Duckduckgo. Pour en avoir le coeur net, tapez le titre de cet article dans ces moteurs de recherche (plus de 24h après sa publication), vous remarquerez qu'il n'est pas référencé si ce n'est par d'autres sites qui ont rediffusé notre article.
- Contrairement à Google, Yahoo & Co boycottent et censurent les articles de SLT en les déréférençant complètement !
- Les articles de SLT toujours déréférencés sur Yahoo, Bing, Duckdukgo, Qwant.
- Censure sur SLT : Les moteurs de recherche Yahoo, Bing et Duckduckgo déréférencent la quasi-totalité des articles du blog SLT !