Le problème des tests PCR (SPR)

Le problème des tests PCR
Swiss Policy Research

Seuil du cycle de PCR (11-37) et culture cellulaire positive (ligne noire, 100% à 0%). Les barres colorées indiquent le nombre de cultures de cellules positives par ct par semaine après l'infection (1 à 3 semaines). ( Jafaar / Raoult ) 🔎

Déjà à la mi-mars, SPR a expliqué que les tests PCR très sensibles sont susceptibles de produire des résultats faussement positifs et que leur valeur prédictive individuelle peut facilement tomber en dessous de 50%.

Les problèmes avec les tests PCR sont nombreux:

1. Il peut y avoir une contamination à grande échelle  des kits de test , comme les États-Unis et le Royaume-Uni (et plusieurs pays africains) l'ont découvert au début de la pandémie.
2. Il peut y avoir une contamination du site de test ou du laboratoire, ce qui a conduit à d' innombrables résultats faussement positifs , des fermetures d'écoles, des quarantaines dans les maisons de soins infirmiers, des événements sportifs annulés, etc.
3. Le test PCR peut réagir à d'autres coronavirus. Selon les examens de laboratoire, cela se produit dans environ 1% à 3% des cas si un seul gène cible est testé , comme c'est le cas dans de nombreux laboratoires (mais pas tous) et comme l' OMS elle-même a recommandé d'éviter un test positif / négatif ambigu. résultats.
4. Le test PCR peut détecter des fragments de virus non infectieux des semaines après une infection active ou à partir d'une infection d'une personne de contact, comme l'a confirmé le CDC américain .
5. Le test PCR peut détecter des virus viables en quantités trop petites pour être infectieux (voir ci-dessous).

Si le virus n'est pas répandu dans une population, et qu'il n'y a pas de kit de test ou de contamination en laboratoire et que les laboratoires testent au moins deux gènes cibles, le risque d'un résultat faussement positif est faible. C'est pourquoi, par exemple, la Nouvelle-Zélande n'a parfois eu aucun test PCR positif pendant des semaines malgré des tests fréquents.

Mais s'il y a une vague d'infection en cours, ou s'il y a eu une vague d'infection récente, ou si les laboratoires ne testent qu'une seule séquence de gène ou luttent contre la contamination, les choses se compliquent .

Un test PCR amplifie des échantillons par des cycles répétitifs. Plus la concentration de virus dans l'échantillon est faible, plus il faut de cycles pour obtenir un résultat positif. De nombreux laboratoires américains travaillent avec 37 à 40 cycles , tandis que de nombreux laboratoires européens travaillent avec 30 à 40 cycles .

Le groupe de recherche du professeur français Didier Raoult a récemment montré qu'à un seuil de cycle (ct) de 25 , environ 70% des échantillons restaient positifs en culture cellulaire (c'est-à-dire infectieux); à un ct de 30 , 20% des échantillons sont restés positifs; à un ct de 35 , 3% des échantillons sont restés positifs; et à un ct supérieur à 35 , aucun échantillon n'est resté positif (infectieux) en culture cellulaire ( voir diagramme ).

Cela signifie que si une personne obtient un résultat de test PCR «positif» à un seuil de cycle de 35 ou plus (tel qu'appliqué dans la plupart des laboratoires américains et de nombreux laboratoires européens), la probabilité que la personne soit contagieuse est inférieure à 3% . La probabilité que la personne reçoive un résultat «faux positif» est de 97% ou plus.

(Notez que les chiffres exacts dépendent du test et du laboratoire en question, et que si un échantillon était déjà positif à un seuil de cycle inférieur (par exemple 20), les chances d'infectiosité sont beaucoup plus élevées.)

Juliet Morrison, virologue à l'Université de Californie à Riverside, a expliqué au New York Times: «Tout test avec un seuil de cycle supérieur à 35 est trop sensible. Je suis choqué que les gens pensent que 40 pourrait représenter un positif. Un seuil plus raisonnable serait de 30 à 35. » Selon le New York Times, jusqu'à 90% des tests positifs à un seuil de cycle de 40 seraient négatifs à un ct de 30.

En revanche, un résultat négatif à un seuil de cycle supérieur à 35 n'exclut toujours pas une infection covid, du fait du problème des faux négatifs (exemple: prélèvement incorrect ou trop précoce). Plus récemment, des chercheurs américains ont découvert que les tests monogéniques étaient faux-négatifs en raison de nouvelles mutations .

Les considérations ci-dessus sont valables au niveau individuel. Au niveau agrégé, si le nombre ajusté de tests PCR positifs augmente soudainement, cela indique certainement une vague d'infection. Le problème est alors que dans de nombreux endroits, les tests PCR ont attrapé au plus 10% de toutes les infections.

En conclusion, alors que les tests PCR dans des endroits à haut risque comme les hôpitaux, les maisons de retraite et autres lieux sensibles sont vitaux et incontestés, l'avantage des tests PCR de masse dans la population générale, qui coûte des milliards aux pays de taille moyenne, peut être un peu plus discutable. .

Voir aussi : Êtes-vous contagieux si vous avez un résultat de test PCR positif pour COVID-19? (Oxford CEBM)

Voir également

• Faits sur Covid-19
• Études sur la létalité de Covid-19
• Sur l'origine du SRAS-CoV-2

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