L'empreinte des endonucléases indique une origine synthétique du SRAS-CoV-2 (BioRxiV)

L'empreinte des endonucléases indique une origine synthétique du SRAS-CoV-2.
Article originel : Endonuclease fingerprint indicates a synthetic origin of SARS-CoV-2
Par Valentin Bruttel1,*, Alex Washburne2,*,+, and Antonius VanDongen3,*
1Department for Obstetrics and Gynecology, University Clinics of Würzburg, Germany
2Selva Analytics, Bozeman, Montana, USA
3Department of Pharmacology and Cancer Biology, Duke University, Durham, NC, U
BioRxiv preprint October 18, 2022 doi: https://doi.org/10.1101/2022.10.18.512756; this version posted October 20, 2022

Note de SLT : article en pré-print

Résumé
Pour prévenir de futures pandémies, il est important de comprendre si le SRAS-CoV-2 s'est propagé directement des animaux aux humains ou indirectement dans un accident de laboratoire. Le génome du SRAS- COV-2 contient un modèle particulier de sites de reconnaissance d'endonucléases de restriction uniques permettant un désassemblage et un réassemblage efficaces du génome viral, caractéristique des virus synthétiques. Ici, la probabilité d'observer un tel schéma chez des coronavirus sans antécédents de bio-ingénierie. Nous constatons que le SRAS-CoV-2 est une anomalie, plus probablement un produit de l'assemblage synthétique du génome que de l'évolution naturelle.  La carte de restriction du SRAS-CoV-2 est cohérente avec de nombreux génomes synthétiques de coronavirus précédemment rapportés, répond à tous les critères requis pour un système efficace de génétique inverse, diffère de ses plus proches parents par un taux significativement plus élevé de mutations synonymes dans ces régions d'apparence synthétique. et présente une empreinte synthétique qui n'est pas susceptible d'avoir évolué à partir du génome du coronavirus. Nous signalons une forte probabilité que le SRAS- CoV-2 puisse être issu d'un clone infectieux assemblé in vitro.

Résumé simplifié : Pour construire des variantes synthétiques de coronavirus naturels en laboratoire, les chercheurs utilisent souvent une méthode appelée assemblage génomique in vitro. Cette méthode utilise des enzymes spéciales appelées enzymes de restriction pour générer des blocs de construction d’ADN qui peuvent ensuite être « assemblés » dans le bon ordre du génome viral. Pour fabriquer un virus en laboratoire, les chercheurs conçoivent habituellement le génome viral pour ajouter et supprimer des sites de couture, appelés sites de restriction. Les façons dont les chercheurs modifient ces sites peuvent servir d’empreintes digitales de l’assemblage génomique in vitro.

    Nous avons constaté que le SRAS-CoV a les empreintes digitales des sites de restriction qui sont typiques des virus synthétiques. L’empreinte synthétique du SRAS-CoV-2 est anormale chez les coronavirus sauvages et courante chez les virus assemblés en laboratoire. Le type de mutations (mutations synonymes ou silencieuses) qui différencient les sites de restriction dans le SRAS-CoV-2 sont caractéristiques de l’ingénierie, et la concentration de ces mutations silencieuses dans les sites de restriction est extrêmement peu susceptible d’avoir surgi par évolution aléatoire.

    Tant l’empreinte digitale du site de restriction que le schéma des mutations qui les génèrent sont extrêmement improbables dans les coronavirus sauvages et presque universels dans les virus synthétiques. Nos constatations suggèrent fortement une origine synthétique du SRAS-CoV2...

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Traduction SLT