L'épidémie d'Ebola de 2014 en Afrique de l'Ouest était-elle issue d'un laboratoire ? (Independent Science News)

L'épidémie d'Ebola de 2014 en Afrique de l'Ouest était-elle issue d'un laboratoire ?
Article originel : Did West Africa’s Ebola Outbreak of 2014 Have a Lab Origin?
Par Sam Husseini et Jonathan Latham*, PhD
Independent Science News, 25.10.22

Entre 2014 et 2016, l'Afrique de l'Ouest a subi une épidémie d'Ebola qui était facilement la plus importante et la plus meurtrière de l'histoire. Plus de 29 000 personnes ont été infectées et plus de 11 000 sont mortes dans ce qui était aussi une calamité économique et sociale.

Les pays les plus touchés ont été la Sierra Leone, le Liberia et la Guinée, mais des vies ont également été perdues dans d'autres pays. Des cas d'Ebola ont été détectés au Nigeria, au Sénégal, au Mali, en Espagne, au Royaume-Uni et aux États-Unis. Cette propagation internationale a déclenché sa propre panique, quoique de courte durée.

L'agent infectieux à l'origine de l'épidémie était un filovirus, l'espèce zaïroise du virus Ebola (parfois appelée ZEBOV et parfois simplement Ebola), dont le taux de mortalité peut atteindre 90 % (Feldmann and Geisbert, 2011).

L'histoire orthodoxe de l'origine des épidémies reste celle donnée à l'époque par les médias mondiaux. Aux États-Unis, The Atlantic a titré  “The Beautiful Tree, the Bats, and the Boy Who Brought Ebola.” ("Le bel arbre, les chauves-souris et le garçon qui a apporté Ebola"). Le journal britannique The Independent titrait “Ebola outbreak: Two-year-old boy from tiny Guinea village was first to be infected after playing with bats in tree stump.” ("L'épidémie d'Ebola : Le garçon de deux ans d'un petit village de Guinée a été le premier à être infecté après avoir joué avec des chauves-souris dans une souche d'arbre". La BBC a publié : “First Ebola boy likely infected by playing in bat tree” ("Le premier garçon atteint d'Ebola a probablement été infecté en jouant dans un arbre à chauve-souris") et le Toronto Star du Canada a informé ses lecteurs de l'article suivant :  “Scientists trace Ebola outbreak to a tree where children play“. ("Les scientifiques relient l'épidémie d'Ebola à un arbre où jouent des enfants"). Tout en ne s'accordant pas sur le fait qu'il s'agissait d'une "souche" ou d'un "bel arbre", les médias se sont tous accordés sur un garçon africain et les chauves-souris.

La source principale de ces récits était un article de recherche paru le 30 décembre 2014 dans la revue EMBO Molecular Medicine (Saéz et al., 2014). Intitulé “Investigating the zoonotic origin of the West African Ebola epidemic“, l'article commence par :

"La grave épidémie de maladie à virus Ebola qui sévit en Afrique de l'Ouest découle d'un seul événement de transmission zoonotique à un garçon de 2 ans à Meliandou, en Guinée."

Leur prétendu patient zéro, Emile Ouamouno, aurait attrapé Ebola après avoir joué avec, ou peut-être chassé, des chauves-souris.

Peut-être dissuadés par cette phrase d'ouverture définitive, les médias ne semblent pas avoir cherché à l'époque à savoir quelles preuves étayaient ce récit. C'était peut-être une erreur.

Il est vrai qu'il y avait des raisons de faire confiance à ces scientifiques. L'auteur principal était Fabian Leendertz, du prestigieux Institut Robert Koch en Allemagne. Leendertz est un chasseur de virus renommé, surtout connu comme membre de l'équipe de l'OMS qui a rendu compte, en mars 2021, des origines de la COVID-19.

Preuve manquante : la recherche d'une zoonose à Meliandou

Pour son enquête, l'équipe de Leendertz a recensé les chauves-souris dans les environs de Meliandou. Les chauves-souris ont été choisies car elles sont considérées comme l'hôte réservoir présumé des virus Ebola du Zaïre (Leroy et al., 2005; Leroy et al, 2009; Pigott et al., 2014).

Des échantillons de sang et de tissus de chauves-souris ont été prélevés sur 159 individus de 13 espèces de chauves-souris. Cependant, les résultats ont été uniformément négatifs :

"Aucun ARN EBOV n'a été détecté dans aucun des échantillons de chauves-souris testés par PCR [et] les tentatives de démontrer la présence d'anticorps IgG contre les virus Ebola n'ont pas été concluantes (données non présentées)."
 

Essayant une autre approche, les auteurs savaient que les épidémies d'Ebola zaïrois sont parfois corrélées avec des mortalités massives de mammifères forestiers (Walsh et al., 2003; Leroy et al., 2004). Cependant, aucune preuve de déclin des mammifères n'a pu être trouvée près de Meliandou :

"Ces résultats suggèrent qu'il n'y a pas eu de déclin majeur ; en fait, les populations de carnivores et de chimpanzés (Pan troglodytes verus) ont peut-être augmenté.
 

Au total, l'équipe de Leendertz n'a trouvé aucun signe d'Ebola dans la région de Meliandou.

Qu'en est-il d'Emile ? L'équipe de Leendertz a conclu qu'Emile et sa mère, qui était enceinte de huit mois à l'époque, étaient tous deux victimes d'Ebola, tout comme une sœur qui est également décédée. Ils n'ont toutefois pas noté que le principal soignant d'Emile à l'époque (probablement en raison de la grossesse) était son père, qui n'est jamais tombé malade.

En outre, aucun échantillon de sang ou autre n'a jamais été prélevé sur aucun de ces cas suspects. Il n'existe donc aucune preuve en laboratoire que l'un d'entre eux ait été atteint d'Ebola et ces diagnostics reposent donc sur les seuls symptômes.
 

Cela est très important car les symptômes d'Ebola sont très variables. Même lorsqu'ils sont graves, ils se superposent à de nombreuses maladies courantes en Afrique de l'Ouest, notamment le paludisme, le choléra et la fièvre de Lassa. Il est donc généralement admis que l'Ebola zaïrois ne peut être diagnostiqué sans le séquençage du génome ou d'autres tests de laboratoire (Gire et al., 2014). Ces tests n'ont été disponibles que bien plus tard dans l'épidémie.

Ainsi, l'enquête de Leendertz n'a pas détecté d'Ebola chez les chauves-souris ou d'autres animaux dans les environs de Meliandou, et n'a pas non plus découvert d'autres preuves de l'existence d'une épidémie d'Ebola dans la région. Elle n'a pas non plus trouvé de preuve qu'Emile ou ses contacts immédiats aient été infectés par le virus Ebola, ni même d'indication claire qu'Emile ait eu un quelconque contact avec une chauve-souris ou le désormais célèbre arbre. Ces constatations ne justifiaient en rien la certitude absolue de la première phrase de leur rapport.

Au contraire, les preuves recueillies par l'équipe de Leendertz allaient à l'encontre de la présence d'Ebola à Meliandou à cette époque.


Des preuves indépendantes contre Ebola à Meliandou

Chernoh Bah, un journaliste indépendant de Sierra Leone, a écrit un livre sur l'épidémie d'Ebola de 2014 et a visité Meliandou. Bah a constaté que :

"Les agents de santé locaux pensent toujours que le paludisme pourrait être la cause réelle de sa mort [celle d'Émile]."
 

Pendant son séjour à Meliandou, Chernoh Bah a également interrogé le père d'Émile. Selon Bah, l'équipe de Leendertz (qui n'a jamais prétendu avoir interrogé le père) a commis une erreur cruciale :

"L'enfant avait en fait 18 mois quand il est mort".
 

Bah a confirmé cette évaluation dans une interview accordée à Independent Science News. Cet âge est également accepté par le CDC étatsunien et a été confirmé indépendamment par les journalistes de Reuters, qui ont également interviewé le père d'Emile. Il convient de noter que la question de l'âge est cruciale pour l'ensemble du récit de l'épidémie. Comme l'a déclaré le père d'Emile à Reuters :

"Emile était trop jeune pour manger des chauves-souris, et il était trop petit pour jouer tout seul dans la brousse. Il était toujours avec sa mère".

Bah a également identifié une autre erreur apparente : celle selon laquelle Émile avait quatre frères et sœurs qui ne sont jamais tombés malades. Ces frères et sœurs ne sont mentionnés nulle part dans la littérature scientifique.

Le contexte général est également important pour évaluer ces récits contradictoires. Certaines épidémies précédentes d'Ebola au Zaïre ont été liées à la chasse, mais une seule épidémie d'Ebola a été liée à la manipulation ou à la consommation de chauves-souris, et encore, de manière provisoire (Leroy et al., 2009). Ainsi, bien que la capture et la consommation de chauves-souris soient courantes dans certaines régions d'Afrique, il n'existe pas de précédent clair de transmission d'Ebola à l'homme.

En outre, bien que certaines chauves-souris semblent porter des anticorps contre les virus Ebola, seul le Bombali Ebola intact (une espèce de virus différente dans le genre Ebola) a jamais été isolé d'une chauve-souris, malgré des recherches intensives (Leroy et al., 2005 ; Pigott et al., 2014 ; Goldstein et al., 2018; Forbes et al., 2019). Le Bombali est une espèce d'Ebola qui n'infecte pas les humains.

L'ensemble de ces éléments suggère que les chauves-souris sont rarement porteuses de virus Ebola et que, lorsqu'elles le sont, c'est en petites quantités. Ce contexte rend quelque peu surprenant le fait que Saéz et al. aient attribué l'épidémie de 2014 (sans preuve à l'appui) à un contact avec des chauves-souris. En effet, Fabian Leendertz doute désormais que les chauves-souris soient de véritables réservoirs de virus Ebola (Leendertz et al., 2016).

Étant donné le manque général de preuves, on peut se demander par quel processus exact des affirmations aussi peu étayées ont été transmutées en gros titres internationaux.

L'épidémiologie manquante reliant Emile aux premiers cas avérés d'Ebola

Emile Ouamouno est décédé à Meliandou, en Guinée, le 6 décembre 2013 (Saéz et al. 2014; Baize et al., 2014).

Carte politique de la Guinée, de la Sierra Leone et du Liberia. Les flèches pointent vers Meliandou et Kenema.

S'appuyant sur des dossiers hospitaliers et des entretiens, une chaîne de transmission putative reliant Emile à (la plupart de) tous les premiers cas confirmés a été publiée dans le New England Journal of Medicine (Baize et al., 2014).

La chaîne épidémiologique proposée est présentée dans son intégralité à la figure 2 (reproduite de Baize et al., 2014). Dans la figure 2, les cas suspects sont indiqués par un " S ", tandis que les patients confirmés par un test de laboratoire sont indiqués par un " C " pour " confirmé " (et également par un point rouge). Cela fait d'Émile un " S1 " dans le récit standard.

Fig 2 La chaîne d'infection putative d'Ebola (d'après Baize et al., 2014 NEJM 371:1418-1425)

Ces auteurs reconnaissent que les connexions en pointillés de la figure 2 représentent des liens épidémiologiques qui "ne sont pas bien établis". Il est donc important de noter qu'Émile se connecte aux premiers cas confirmés uniquement via des lignes pointillées.

Ce qu'il faut ensuite comprendre du récit épidémiologique standard, c'est que les tests de laboratoire pour la maladie d'Ebola ne sont devenus disponibles en Afrique de l'Ouest que le 21 mars 2014. Chaque étape de la chaîne d'infection de la figure 2 (sauf lorsque C12 a infecté C14) repose sur les seuls symptômes. Ainsi, même les lignes pleines de la figure 2 sont très provisoires.

La troisième considération importante est qu'il existe deux versions alternatives de Baize et al. 2014 disponibles en ligne. La version initialement publiée par le NEJM est représentée par la figure 2. La version disponible maintenant (datée du 12 juillet 2022) sur le site Web du NEJM indique que la première version (évaluée par les pairs) de l'article était " préliminaire ". Le principal changement dans le texte final a été d'indiquer qu'une deuxième enquête épidémiologique a conclu que les dates de décès pour S1 (Emile), S2, S3 et S4 étaient plus tardives de 3 à 4 semaines (Baize et al., 2014). Cependant, aucune information sur cette deuxième enquête n'est fournie. Il n'y a aucune explication sur la raison pour laquelle elle était nécessaire et elle contredit la figure 2 (qui reste inchangée dans la nouvelle version du document). Il n'est jamais dit non plus laquelle des deux conclusions, le cas échéant, les auteurs eux-mêmes privilégient.

(Potentiellement, cette deuxième enquête était celle menée par l'équipe de Leendertz et mentionnée dans Saéz et al., 2014. Ces chercheurs ont affirmé que la première enquête de Baize était incorrecte et qu'Émile (S1) était mort le 28 décembre (et non le 6 décembre), sa sœur le 5 janvier (et non le 29 décembre) et sa mère (S3) le 11 janvier (et non le 13 décembre). Cependant, Saéz et al. ne mentionnent pas la révision de la date de décès de la grand-mère (S4) qui, selon Baize et al., a été révisée dans la deuxième enquête, passant du 3 janvier à une date non précisée).

Cette incertitude épidémiologique se manifeste même à des dates ultérieures et parmi les cas confirmés. Par exemple, la figure 2 n'inclut pas le patient C3, qui a été le premier décès confirmé par Ebola (le 17 mars) à l'hôpital de Guéckédou. Il s'agit de l'hôpital le plus proche de Meliandou, situé à 12 km. Une chaîne n'a pas non plus été établie pour l'un des deux décès suivants (C4 le 18 mars) à l'hôpital de Guéckédou (tous deux ne sont donc mentionnés que dans le tableau 1 de Baize et non dans la figure 2).

Cette insuffisance de données concrètes concernant les tout premiers cas, à laquelle s'ajoute le long intervalle de temps séparant la mort d'Emile en décembre et les premiers cas confirmés à la mi-mars, ainsi que le retard des enquêtes ultérieures, jettent un doute considérable sur la validité de l'ensemble de la chaîne.

D'autres problèmes se posent également. Comme on peut le voir dans la figure 2, si l'on ne considère que les premiers cas confirmés par des tests de laboratoire, les décès les plus précoces n'ont pas du tout été enregistrés à l'hôpital de Guéckédou. Bien qu'ils soient étiquetés avec des numéros plus élevés (comme s'ils étaient plus tardifs dans l'épidémie), les quatre décès les plus précoces parmi les cas confirmés étaient C12 (d. 28 février), C13 (d. 12 mars), C8 (d. 16 mars) et C14 (d. 16 mars). Ces patients se sont tous présentés à l'hôpital de Macenta, situé à plus de 100 km à l'est de Meliandou et de Guéckédou (voir figure 1, ci-dessus).

Ce schéma parmi les premiers décès confirmés ne suggère évidemment pas un épicentre à Meliandou. Ainsi, bien que Baize et al. aient mené des enquêtes épidémiologiques, cet enracinement de l'épidémie est, en réalité, très provisoire.

Enfin, et ce n'est peut-être pas le moins important, les diagnostics n'étant pour la plupart pas confirmés, la crédibilité de la chaîne épidémiologique de la figure 2 repose fortement sur les affirmations des chercheurs d'avoir interrogé des témoins oculaires, or le père d'Émile les a contredits en 2015, déclarant à Reuters :

"Ce n'est pas Emile qui a commencé".

Ebola au Zaïre en 2014 : le commencement de la preuve d'une origine de laboratoire

Après la première confirmation d'Ebola par des tests de laboratoire à la mi-mars 2014, des rumeurs persistantes dans la région ont lié l'épidémie à un laboratoire de recherche géré par les États-Unis à Kenema, en Sierra Leone (Wilkinson, 2017). Cet établissement étudie les maladies hémorragiques virales, dont Ebola fait partie.

Kenema se trouve à 140 km au sud-ouest de Guéckédou et à la même distance de Macenta et un peu plus loin de Nzérékoré (voir figure 1, ci-dessus). Toutes ces villes se trouvent à proximité ou assez près de la frontière où se rencontrent la Guinée, la Sierra Leone et le Liberia.

Le laboratoire de Kenema se trouve dans l'enceinte de l'hôpital gouvernemental de Kenema (KGH). Le laboratoire, mais pas l'hôpital, est géré parViral Hemorrhagic Fever Consortium ( le Consortium pour la fièvre hémorragique virale) (VHFC), basé aux États-Unis, depuis 2010. Il existe cependant une continuité intéressante : un laboratoire de fièvre hémorragique virale a été géré par le CDC étatsunien à Kenema entre 1976 et la guerre civile en Sierra Leone dans les années 1990.

Fig. 3. L'enceinte du KGH et les bâtiments du VHFC vers 2015. Seuls le dépôt biologique et les nouveaux bâtiments de l'unité VHF ont été proposés (Crédit : Goba et al., 2016).

Le président et fondateur du VHFC est le virologue Robert (Bob) Garry de l'Université de Tulane.

En réponse aux spéculations sur l'origine du laboratoire, Garry a donné un curieux démenti de tout lien avec son laboratoire dans une interview avec Politifact publiée le 15 octobre 2014, intitulée “5 falsehoods about Ebola“. ("5 faussetés sur Ebola"). Garry a déclaré à son interlocuteur, Aaron Sharockman :

"Nous étions là à travailler pendant 10 ans, puis Ebola est arrivé ici".
 

La possibilité d'une origine de laboratoire n'a jamais suscité beaucoup d'attention en dehors de l'Afrique. Mais l'épidémie d'Ebola de 2014 était énigmatique sur plusieurs points essentiels.

Une énigme a été relevée par le groupe de Leendertz :

"[L']épidémie actuelle représente la première émergence avérée du virus Ebola zaïrois en Afrique de l'Ouest." (Saéz et al., 2014)
 

L'espèce zaïroise d'Ebola est la plus mortelle (pour l'homme) de tous les membres du genre Ebola. Ce genre comprend également d'autres virus de type Ebola : Virus de Bundibugyo, Virus de la forêt de Tai, Ebola de Reston, Ebola de Bombali et Ebola du Soudan. Comme son nom l'indique, tous les foyers antérieurs d'Ebola zaïrois se situaient dans la zone équatoriale de l'Afrique centrale (le bassin du Congo) (Feldmann et Geisbert, 2011). Au plus près, cette zone classique d'Ebola zaïrois se trouve à 3 000 km de la Guinée. L'apparition d'Ebola zaïrois en Afrique de l'Ouest est donc un événement frappant et très inattendu.

Comment a-t-il pu atteindre l'Afrique de l'Ouest ? Le virus Ebola n'est pas très contagieux. La transmission nécessite normalement un contact direct avec les fluides corporels d'un hôte infecté. Avec des propriétés infectieuses aussi faibles et un potentiel de propagation aussi faible, comment a-t-il pu se déplacer aussi loin ? De plus, bien que souvent mortel et donc relativement facile à repérer lorsqu'il apparaît, le virus n'a provoqué aucune épidémie humaine ou animale connue en quittant son refuge traditionnel du Congo.

Une deuxième énigme majeure est que le séquençage ultérieur du génome et l'analyse phylogénétique ont montré sans ambiguïté que l'épidémie de 2014 résultait d'un seul saut chez l'homme (Gire et al., 2014 ; Dudas and Rambaut, 2014).

Les épidémies zoonotiques, y compris la plupart des épidémies d'Ebola passées, présentent généralement des sauts multiples vers l'homme à partir d'une source animale (Feldmann et Geisbert, 2011). Les sauts uniques, en revanche, sont compatibles avec des origines de laboratoire et sont souvent considérés comme un drapeau rouge pour cette possibilité  (Nakajima et al., 1978). La raison en est que les chercheurs travaillent souvent avec un seul isolat, peut-être celui qu'ils ont trouvé particulièrement facile à reproduire en laboratoire, alors que les populations naturelles sont généralement diverses. Cette différence fournit un signal génétique permettant de distinguer les origines naturelles des origines de laboratoire.

Enfin, l'Ebola zaïrois est l'espèce privilégiée par les laboratoires de recherche civils et militaires pour étudier les virus de type Ebola. Elle est dans leur ligne de mire en raison de son taux de mortalité élevé et donc de son potentiel en matière de guerre biologique.

Le journaliste Chernoh Bah est aujourd'hui étudiant de troisième cycle à la Northwestern University. Constatant le décalage entre la faiblesse du récit de Leendertz sur l'origine de l'épidémie (et nous ajouterions celui de Baize aussi) et la force avec laquelle le récit d'Emile a été affirmé par les scientifiques et les médias occidentaux, il écrit :

"il est difficile de ne pas interpréter le récit de "l'origine zoonotique de l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest" avancé par Fabian Leendertz et son équipe comme faisant partie d'une dissimulation ou d'un obscurcissement de la véritable chaîne d'événements qui a jeté les bases de l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest". (Chernoh Bah, L'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest)

En effet, le laboratoire de Kenema mérite d'être examiné de près en tant que source potentielle de la souche Ebola zaïroise qui a conduit à l'épidémie de 2014.

Le Consortium sur les fièvres hémorragiques virales a-t-il étudié Ebola à Kenema ?

Selon son site web, le Consortium sur les fièvres hémorragiques virales est un projet de collaboration pour l'étude des fièvres hémorragiques et de leurs traitements. Le virus de Lassa, qui est commun localement, et les virus Ebola sont les maladies hémorragiques virales les plus importantes. Le seul site permanent du consortium se trouve à Kenema.

Parmi les membres institutionnels éminents du VHFC figurent des laboratoires de l'Université de Harvard, le Broad Institute du MIT et de Harvard, le Scripps Research de San Diego et Zalgen, une société de diagnostic fondée par Robert Garry. Bien qu'elle ne soit pas actuellement répertoriée comme telle, en 2014, Metabiota, l'entreprise qui s'autoproclame "gestion de la menace pandémique" était un partenaire du VHFC, tout comme d'autres entreprises.

Comme Garry, les autres dirigeants de VHFC sont basés aux États-Unis et comprennent  Kristian Andersen de Scripps Research, Erica Ollmann Saphire, et Pardis Sabeti (trésorier du conseil d'administration). Garry et Andersen sont actuellement très visibles en raison de leurs nombreuses apparitions dans les médias et de leurs articles scientifiques rejetant les hypothèses d'origine laboratoire du SRAS-CoV-2 comme des conspirations sans fondement (par exemple, Andersen et al., 2020; Worobey et al., 2022).

En 2011, trois ans avant l'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest, Reuters a longuement décrit les recherches menées à Kenema. Les lecteurs apprenaient qu'un "laboratoire du sud-est de la Sierra Leone est un avant-poste de la "guerre contre le terrorisme" du gouvernement américain, financé par une hausse des dépenses de bio-défense depuis les attentats à l'avion et à l'anthrax contre New York et Washington il y a dix ans. Les recherches américaines visent à limiter la vulnérabilité des intérêts occidentaux aux agents biologiques."

Comme le note Reuters : "En 2001 - avant les attentats du 11 septembre - le budget des National Institutes of Health américains pour le bioterrorisme et la recherche connexe était de 53 millions de dollars. Mais pour l'année fiscale 2007, le NIH demandait plus de 1,9 milliard de dollars." Reuters conclut que la part des laboratoires de Kenema dans cette allocation était de 40 millions de dollars.

Le 25 août 2013, quelques mois avant l'épidémie d'Ebola, le VHFC a publié sur son site Internet un article intitulé : Researchers at the Scripps Research Institute make major advances in the fight against Ebola virus ("Les chercheurs du Scripps Research Institute font des avancées majeures dans la lutte contre le virus Ebola"). Cet article a été supprimé par la suite, mais son existence est vérifiable à l'aide de la WayBackMachine. Néanmoins, le titre seul soulève quelques questions essentielles : Pourquoi le VHFC a-t-il publié un article sur Ebola s'il ne travaillait pas sur le sujet à l'époque ? En particulier, quelle variante d'Ebola était étudiée ? Quelle était la nature des expériences ? Pourquoi supprimer le post ?

Ce n'était pas la seule fois où le VHFC semblait orienter la perception de ses recherches vers la fièvre de Lassa et l'éloigner d'Ebola à la suite de l'épidémie. Le 27 mai 2014, une déclaration du VHFC a fait référence à "l'épicentre actuel d'Ebola à Guéckédou, en Guinée" et à la collaboration avec Metabiota. La déclaration faisait référence à leur " laboratoire Lassa à l'hôpital gouvernemental de Kenema (KGH) ". C'est la première fois que nous trouvons une référence au VHFC qui appelle son installation à Kenema le "laboratoire Lassa". Il s'agit peut-être d'un effort rhétorique compréhensible pour se distancer de la recherche sur Ebola. Mais cela soulève une question : si le travail à Kenema portait uniquement sur Lassa, pourquoi le terme générique " fièvre hémorragique " a-t-il été utilisé pour le consortium (et précédemment le laboratoire), si ce n'est pour englober la recherche sur les virus apparentés ? Et des montants de financement aussi importants étaient-ils uniquement destinés à la fièvre de Lassa ?

Nous savons que le virus Ebola était important pour le VHFC et ses partenaires, et qu'il constituait un intérêt majeur pour au moins certains de ses membres.

En effet, tous les principaux chercheurs américains du VHFC, Robert Garry, Kristian Andersen, Erica Ollmann Saphire et Pardis Sabeti ont publié de nombreux articles de recherche originaux sur le virus Ebola (par exemple Lee et al., 2008; Koehler et al., 2013; Murin et al., 2014; Guha et al., 2018; Gunn et al., 2018; Barnes et al., 2020).

L'accent mis sur Ebola est également conforme aux priorités de recherche américaines en matière de biosécurité, sous les auspices desquelles le laboratoire de Kenema est largement financé. Alors que la fièvre de Lassa est une maladie endémique et parfois débilitante, Ebola est un agent pathogène mystérieux mais hautement mortel associé à des préoccupations de biosécurité de très haut niveau.

Deux exemples de cet intérêt personnel pour Ebola sont Erica Ollmann Saphire et Thomas Geisbert.

Erica Ollmann Saphire
Erica Ollmann Saphire est membre du conseil d'administration du VHFC et travaille à l'Institut d'immunologie La Jolla à San Diego. Les recherches de Saphire portent principalement sur le virus Ebola. En janvier 2013, par exemple, un profil long et hyperbolique d'elle a été publié par Gary Robbins du San Diego Union-Tribune : "La chasseuse de virus : Erica Ollmann Saphire s'attaque aux menaces mortelles".

L'article commence ainsi : "Au plus profond des fourrés d'Afrique de l'Ouest, sur un pont de bambou tendu au-dessus des eaux déchaînées, Erica Ollmann Saphire se dirigeait à tâtons dans l'obscurité vers un village où la peste peut étouffer la vie avec une impitoyable efficacité. Elle était à la recherche de rongeurs. La biologiste du Scripps Research Institute voulait savoir comment et où son ennemi propage les fièvres hémorragiques virales : des maladies mortelles comme Ebola et Lassa".

L'article précise que Saphire travaillait sur une "espèce d'Ebola" qui est "mortelle à 50-90 %". Cette partie n'est pas une hyperbole - depuis 2006, Saphire a coécrit plus de 30 publications sur le virus Ebola zaïrois, ce qui témoigne d'un intérêt de longue date pour la recherche (par exemple, Bornholdt et al., 2013).
 

Thomas Geisbert et l'essai clinique raté de TKM-Ebola
Un autre exemple est celui de Thomas Geisbert. Geisbert travaille actuellement à l'University of Texas Medical Branch, mais il était auparavant à l'United States Army Medical Research Institute of Infectious Disease (USAMRIID) dans le Maryland, également connu sous le nom de Fort Detrick. Il s'agit de la première installation américaine de "biodéfense".

Le 14 décembre 2014, Andersen a publié un post sur le site Web du VHFC célébrant les choix du magazine Time des "chercheurs du VHFC, les docteurs Pardis Sabeti et Thomas Geisbert" comme "combattants d'Ebola" et deux de leurs personnes de l'année.

Le profil 2014 de Thomas Geisbert dans le magazine Time est instructif. Citant le transfuge soviétique Ken Alibek comme son autorité (même si Alibek était, à l'époque, largement considéré comme une source peu fiable), Geisbert a déclaré aux lecteurs du Time que l'Union soviétique avait essayé de militariser Ebola. Lorsqu'ils étaient à Fort Detrick, Geisbert et ses collègues avaient fait pression pour que les États-Unis répondent aux allégations d'Alibek :

[à l'époque, il n'y avait ni argent, ni intérêt, ni temps pour faire passer ces produits par la ligne d'arrivée". "Mais après le 11 septembre, tout a changé. Les fonds ont augmenté. C'était une chance pour moi, car Ebola était mon principal centre d'intérêt. Lorsque tout l'argent est devenu disponible, nous avons commencé à envisager le développement d'un vaccin. L'idée est venue de Heinz Feldmann, qui travaillait alors à l'Agence de la santé publique du Canada (aujourd'hui à l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses), et le premier grand succès que nous avons remporté remonte à 2002 ou 2003. Nous avons réalisé deux études consécutives, et c'était le premier vaccin qui protégeait complètement les singes contre Ebola."
 

Les recherches de Geisbert ont été détaillées plus avant par Constantine Nana, qui a écrit un livre sur l'épidémie de 2014 : L'épidémie d'Ebola en Afrique de l'Ouest. Dans ce livre, Nana écrit :

"[Geisbert] a étudié le virus Ebola pendant plus de deux décennies et a passé plusieurs années à travailler avec l'Institut de recherche médicale sur les maladies infectieuses de l'armée américaine à Fort Detrick. En mars 2014, il s'est vu attribuer (avec Profectus Biosciences, Tekmira Pharmaceuticals et le Vanderbilt University Medical Center) 26 millions de dollars (à répartir sur cinq ans) par le NIH pour 'faire progresser les traitements des virus de la fièvre hémorragique hautement létale Ebola et Marburg' ".
 

Dans son livre, Nana émet l'hypothèse que ces recherches pourraient avoir conduit à une fuite à Kenema.

En particulier, Nana cite un produit appelé TKM-Ebola, un produit thérapeutique à base d'ARN qui, selon une recherche publiée dans le Lancet, était un traitement efficace à 100 % pour les primates infectés par Ebola (Geisbert et al., 2010). Les travaux publiés dans le Lancet ont été financés par la Defense Threat Reduction Agency (qui fait partie du ministère de la Défense), ils portaient sur la souche Ebola du Zaïre et étaient le fruit d'une collaboration entre Geisbert et Tekmira Pharmaceuticals.
 

Dans le portrait qu'il a dressé dans le magazine Time, M. Geisbert s'est félicité du succès que lui et Tekmira auraient rencontré :

"J'ai des étagères et des étagères et des étagères et des étagères de produits qui ralentissent ou inhibent la croissance d'Ebola en culture. Des dizaines d'entre eux protègent les souris ou les cobayes. Seules deux d'entre elles ont fonctionné sur des primates non humains, parmi toutes les études réalisées dans le laboratoire BSL4 - et il s'agit de ZMapp, réalisée par Gary Kobinger au Canada, et de TKM-Ebola, sur laquelle j'ai travaillé avec la société de biotechnologie Tekmira. ... Lorsque vous avez du succès, comme lorsque nous avons réalisé l'étude TKM-Ebola, il n'y a pas de plus grand sentiment".

Sur la base du résultat du Lancet, Tekmira a levé au moins 140 millions de dollars auprès de bailleurs de fonds liés à l'armée. Cela lui a permis, à peu près au moment de l'épidémie, de mener une série d'essais cliniques de phase I et de phase II sur différentes versions de TKM-Ebola.

Par exemple, le 13 décembre 2013, Tekmira a annoncé une étude chez l'homme et le 14 janvier 2014, a rédigé un autre communiqué de presse, intitulé "Tekmira Doses First Subject in Human Clinical Trial of TKM-Ebola". Comme le rapporte le New York Times en juin 2015, au moins un essai de phase II a bel et bien été mené en Sierra Leone. Financé par le Wellcome Trust britannique, celui-ci a été interrompu car, selon Tekmira, le médicament n'était "pas susceptible de démontrer un bénéfice thérapeutique global".

Cet essai a ensuite été publié dans une revue scientifique et décrit comme se déroulant à Port Loko, à 190 km au nord-ouest de Kenema (Dunning et al., 2016).

D'après les descriptions limitées disponibles, l'un de ces essais correspond au moment requis pour qu'il ait déclenché l'épidémie d'Ebola de 2014, mais aucun ne correspond au lieu. Cependant, les données sont incomplètes ; pour son livre, Constantine Nana a correspondu avec le chercheur principal de l'essai de phase II de Port Loko, le Dr Peter Horby de l'Université d'Oxford.

Horby a répondu à Nana "qu'il n'avait aucune information concernant les résultats de l'essai de phase I". Diriger un essai de phase II et ne rien savoir de l'essai de phase I de ce produit est en effet mystérieux et plutôt étrange.

Peu après, en juillet 2015, Tekmira a changé de nom et mis fin à sa quête d'un traitement contre Ebola.

Au minimum, ces activités démontrent la nature très active de l'intérêt de Geisbert pour le virus Ebola et amènent à s'interroger sur la fin soudaine de l'intérêt de Tekmira pour Ebola après un début si prometteur. Il est également possible que des expériences aient été menées à Kenema et aient conduit à une épidémie. Par exemple, peut-être que le virus Ebola vivant provenant de sources non publiées a été cultivé avec d'autres réactifs pour ces essais ?

Autres membres du VHFC
Pardis Sabeti, l'un des "combattants d'Ebola" du magazine Time, est un éminent chercheur du Broad Institute et le trésorier du VHFC. Un communiqué de presse de la Fondation Vilcek du 29 janvier 2014 indique qu'elle :

"a étudié plusieurs agents à l'origine de maladies infectieuses, comme le parasite du paludisme, le virus de Lassa et le virus Ebola."

En 2013, Robert Garry a cosigné un article sur un nouveau traitement pour l'Ebola zaïrois (Koehler et al., 2013). Les onze autres auteurs étaient tous de l'USAMRIID, alias Fort Detrick. Ce site est la plus grande installation de "biodéfense" au monde et l'entreprise de Garry, Zalgen, est située à proximité.

Autres recherches commerciales au laboratoire de Kenema
En 2010, Corgenix, un autre "partenaire" du VHFC, a publié un communiqué de presse : "Corgenix a reçu une subvention du NIH pour développer la prochaine génération de produits de détection technologique pour les virus Ebola et Marburg". Le communiqué indiquait : "L'Université de Tulane, le Scripps Research Institute et Autoimmune Technologies, LLC collaboreront avec Corgenix dans le cadre de cette étude." Autoimmune Technologies a également été un partenaire de la VHFC.

"Nous nous attendons à ce que cette étude débouche sur des tests spécifiques, rentables et faciles à utiliser pour la détection des virus Ebola et Marburg", a déclaré Jon Geske, Ph.D., directeur du projet Corgenix et chercheur principal du programme. "En outre, les diagnostics qui en résulteront seront essentiels pour le développement de vaccins et d'autres traitements pour ces maladies actuellement incurables."

"En s'appuyant sur notre programme très réussi sur le virus de Lassa, cela permettra le développement de tests de diagnostic de pointe pour les virus Ebola et Marburg sur de multiples plateformes de livraison", a ajouté Douglass Simpson, président et PDG de Corgenix.

Le communiqué de presse 2010 de Corgenix cite également le président du VHFC, Robert Garry :

"Nous avons été très satisfaits des résultats de notre collaboration au cours des cinq dernières années. Les produits de diagnostic de Lassa se sont révélés remarquablement efficaces dans des contextes cliniques en Afrique et auront un impact significatif sur les soins de santé dans cette partie du monde, et combleront également une lacune critique dans la défense contre le bioterrorisme. Désormais, grâce à la nouvelle subvention du NIH, nous allons étendre ce programme pour nous attaquer à ces agents infectieux supplémentaires qui ont le potentiel de tuer des centaines de milliers de personnes et qui préoccupent les communautés de la santé publique et de la préparation au bioterrorisme".

Il s'agit d'un autre exemple de recherche potentiellement très pertinente (puisque pour détecter Ebola, il faut généralement avoir Ebola) menée avec des membres du VHFC, très probablement à Kenema.
Lacunes en matière de biosécurité au laboratoire de Kenema

L'étude des fièvres hémorragiques virales est considérée comme un travail dangereux. Aux États-Unis, l'utilisation de filovirus vivants nécessite des installations de niveau de biosécurité 4 (BSL-4), où les chercheurs portent des "combinaisons spatiales" à pression positive.

Mais à Kenema, toujours selon Reuters, les mesures de biosécurité "comprennent des lunettes de protection, des gants et des masques." L'article cite un membre du VHFC, Matt Boisen, un scientifique américain de Tulane, qui travaille maintenant pour Zalgen :

"Il est certain que nous avons moins de sécurité, moins de confinement, mais nous avons la capacité de faire beaucoup plus dans le même laps de temps."

Apparemment, les protocoles de biosécurité laxistes ont constitué une incitation à travailler à Kenema.

En 2016, l'Associated Press (AP) a mené une enquête post-épidémie sur le laboratoire de Kenema et son rôle dans la réponse. AP a été informé par une source anonyme que, au laboratoire de Kenema, "des aiguilles usagées jonchent l'endroit".

AP a également obtenu des courriels internes de l'OMS dans lesquels un haut fonctionnaire de l'OMS, Pat Drury, a dit à la directrice de l'OMS, Margaret Chan :

"Les deux laboratoires [Tulane et Metabiota à Kenema] ne répondent pas aux normes internationales en matière de biosécurité."

D'autres ont corroboré ce laxisme. Lors de l'épidémie de 2014, l'intervenant d'urgence le plus précoce a été l'organisation médicale à but non lucratif Médecins sans frontières (MSF), à laquelle on a fait appel en raison de sa grande expérience en matière d'Ebola.

La coordinatrice de la réponse d'urgence de MSF était Anja Wolz. Elle était très critique à l'égard des mesures de biosécurité utilisées par Metabiota à Kenema. Ayant vu comment ils visitaient les cas suspects d'Ebola, elle a déclaré à AP :

"Je ne suis pas entrée dans le laboratoire de Metabiota.....I a refusé parce que j'en avais déjà vu assez"

Un fonctionnaire du CDC, Austin Demby, envoyé plus tard pour enquêter, est arrivé à des conclusions similaires. Dans un courriel concernant le laboratoire de Kenema, il écrit :

"Le potentiel de contamination croisée est énorme et franchement inacceptable."

Ainsi, il semble qu'il y ait eu à Kenema un modèle de procédures laxistes en matière de biosécurité, tant avant que pendant l'épidémie.

MSF allègue une épidémie cachée en Sierra Leone

Répondant à des demandes d'urgence internationales pour assister à une épidémie de cause alors inconnue, MSF est arrivé à Guéckédou, en Guinée, le 18 mars 2014. Ce sont leurs efforts de diagnostic qui ont confirmé pour la première fois la présence d'Ebola.

Après le déclin de l'épidémie, MSF a rédigé un rapport sur la réponse à l'épidémie d'Ebola qui était très critique à l'égard des membres du VHFC.

Le rapport de MSF fait référence à leurs premiers soupçons selon lesquels, malgré l'absence de résultats de tests positifs en Sierra Leone, Ebola était néanmoins présent :

"Le travail de détective des épidémiologistes a révélé des chaînes de transmission non connectées dans différents endroits de la région de la Guinée forestière, dont beaucoup avaient de la famille au Liberia et en Sierra Leone voisins."

Le rapport cite également le Dr Armand Sprecher, spécialiste de la santé publique de MSF :

"Au départ, le problème n'était pas tant le nombre de cas, mais le fait que les points chauds étaient répartis en de si nombreux endroits".

En d'autres termes, l'épidémie en Guinée ne ressemblait pas à une épidémie récente avec un épicentre simple, comme le proposent les articles de Leendertz et Baize. Au contraire, ce que MSF a trouvé en arrivant en Guinée, ce sont de nombreux cas, très dispersés, dont certains au moins semblaient provenir de la Sierra Leone voisine.

Cela a soulevé une autre question :

"Pendant ce temps, on s'est toujours inquiété de l'absence surprenante de cas confirmés de l'autre côté de la frontière en Sierra Leone."

MSF avait une explication pour cette absence :

"Dès le début de l'épidémie, la société américaine de biotechnologie Metabiota et l'Université de Tulane, partenaires de l'hôpital sierra-léonais de Kenema, ont pris l'initiative d'aider le ministère sierra-léonais de la Santé à enquêter sur les cas suspects. Leurs enquêtes se sont révélées négatives au virus Ebola, tandis que leurs activités de surveillance continue semblent avoir manqué les cas d'Ebola qui étaient apparus dans le pays."

La suggestion de MSF selon laquelle le laboratoire de Kenema n'a pas détecté de cas d'Ebola concorde avec l'enquête d'AP en Sierra Leone.

Les journalistes d'AP ont obtenu un courriel envoyé par le coordinateur Ebola de l'OMS, Philippe Barboza, le 8 août 2014. Il indique :

Les [employés de Metabiota] "font systématiquement obstacle à toute tentative d'amélioration du système de surveillance existant et de nombreuses améliorations sont nécessaires".

Un autre fonctionnaire de l'OMS, le spécialiste des épidémies Eric Bertherat, était déjà parvenu à des conclusions similaires. Dans un courriel daté du 17 juillet, il a déclaré à ses collègues qu'il n'y avait "aucun suivi des échantillons" et "absolument aucun contrôle sur ce qui est fait". Il en résulte une "confusion totale". Plus tard, dans un article sur l'épidémie rédigé par Bertherat, Barboza et d'autres, il est question d'une "transmission considérable non surveillée au cours des premiers mois de l'épidémie" et de la rétention des données des auteurs par Metabiota (Senga et al., 2017).

Et Sylvia Blyden, une conseillère principale du gouvernement de la Sierra Leone, a déclaré à AP que Metabiota

" a mis en péril toute la région ".

Lorsque MSF a enfin obtenu l'autorisation de travailler en Sierra Leone, ils ont été pris par surprise :

"Lorsque nous nous sommes installés à Kailahun [une ville équidistante de Kenema et Guéckédou], nous avons réalisé qu'il était déjà trop tard. Il y avait des cas partout, et nous avons construit le centre avec 60 lits, au lieu des 20 que nous avions au départ en Guinée ", explique Anja Wolz de MSF.

Mais, tout comme l'OMS, MSF n'a obtenu aucune coopération de Kenema :

"Le ministère de la Santé et les partenaires de l'hôpital de Kenema ont refusé de partager avec nous des données ou des listes de contacts, nous avons donc travaillé dans l'obscurité alors que les cas ne cessaient d'arriver."

MSF est d'accord avec Sylvia Blyden pour dire que l'échec à Kenema a eu des répercussions majeures :

"Après une courte période d'espoirs suscités en mai, alors que les cas semblaient décliner en Guinée et au Liberia, l'épidémie cachée en Sierra Leone a pris de l'ampleur et a relancé l'épidémie chez ses voisins."

Cette phrase est la deuxième référence dans le rapport de MSF au fait que l'épidémie de Sierra Leone était "cachée". Apparemment, MSF pensait que la non-déclaration des cas en Sierra Leone n'était pas une simple bavure.

Ces enquêtes indépendantes, et le rapport de MSF en particulier, soulèvent des questions fondamentales : L'épidémie a-t-elle vraiment commencé en Guinée ? Ou a-t-elle en fait commencé en Sierra Leone ? Les défaillances des tests et des diagnostics précoces en Sierra Leone ont-elles donné lieu à un récit qui situe l'origine de l'épidémie de l'autre côté de la frontière, en Guinée ? Étant donné l'intentionnalité imputée par nombre de ces témoins aux défaillances en Sierra Leone, étaient-elles délibérées ? Si oui, étaient-ils destinés à détourner l'attention du laboratoire de Kenema ?
L'analyse phylogénétique de l'épidémie d'Ebola de 2014 contredit le récit standard.

À ce jour, le récit de l'homme chauve-souris reste la principale explication de l'épidémie d'Ebola de 2014 en Afrique de l'Ouest (Holmes et al., 2016). Même si aucune preuve supplémentaire en sa faveur n'est apparue depuis (comme la découverte d'une source naturelle d'Ebola en Afrique de l'Ouest, malgré des recherches intensives dans la faune sauvage), les chercheurs ne font que très rarement remarquer que l'histoire d'Émile est effectivement "anecdotique" (Spengler et al., 2016).

L'épidémie d'Ebola de 2014 (que l'on appelle désormais la souche Makona d'Ebola) a marqué les débuts complets du séquençage massif du génome viral pendant une épidémie. Au total, environ 5 % des cas confirmés d'Ebola en Afrique de l'Ouest ont été séquencés, chaque séquence étant assortie de données sur l'heure et le lieu d'échantillonnage. L'ensemble des données contient environ 1 500 génomes d'Ebola, y compris ceux de certains des premiers cas connus.

L'analyse phylogénétique est un ensemble de méthodes permettant d'organiser et de visualiser cette vaste quantité d'informations génétiques. Elle peut donner un aperçu détaillé de la chronologie et des liens entre les cas, et les phylogénies peuvent donc permettre de déterminer où et quand le virus est apparu (voir, par exemple, Holmes et al., 2016). Par exemple, l'analyse phylogénétique a été utilisée pour montrer les cas où la maladie a traversé et retraversé les frontières entre la Guinée, la Sierra Leone et le Liberia, et dans quelle direction (Dudas et al., 2017).

Ces informations génétiques sont désormais accessibles au public. On peut y accéder facilement et les visualiser via le site web de virologie open-source Nextstrain.org, qui est la source des phylogénies dans les figures ci-dessous.

Puisque l'épidémiologie sur le terrain est clairement incertaine, la principale raison scientifique pour ne pas prendre au sérieux la possibilité d'une origine de laboratoire est qu'un grand nombre d'analyses phylogénétiques ont été effectuées et que celles-ci ont toujours affirmé que l'origine était sans ambiguïté en Guinée (Dudas et Rambaut, 2014 ; Baize et al, 2014 ; Gire et al., 2014 ; Carroll et al., 2015 ; Hoenen et al., 2015 ; Kugelman et al., 2015 ; Ladner et al., 2015 ; Park et al., 2015 ; Simon-Loriére et al., 2015 ; Quick et al., 2016 ; Tong et al., 2016 ; Arias et al., 2016 ; Holmes et al., 2016 ; Dudas et al., 2017).

À première vue, la raison de cette situation semble claire. La figure 4 est une capture d'écran de l'ensemble de l'épidémie d'Ebola de 2014. Elle est tirée de la page de phylogénie interactive d'Ebola de Nextstrain. (Remarque : pour cette capture d'écran, et toutes les figures qui la suivent, des paramètres spécifiques de Nextstrain ont été sélectionnés pour mettre en évidence les dates d'échantillonnage et leur pays d'origine).
La figure 4 est une capture d'écran tirée de la page interactive Ebola de Nextstrain. Elle est paramétrée pour mettre en évidence les pays d'origine et, sur l'axe des x, la chronologie des cas. La flèche rouge pointe vers l'origine présumée.

Figure 4 Une capture d'écran tirée de la page interactive Ebola de Nextstrain. Elle est configurée pour mettre en évidence les pays d'origine et, sur l'axe des x, la chronologie des cas. La flèche rouge superposée pointe vers l'origine présumée.

Dans Nextstrain (et donc dans la figure 4 et les figures suivantes), les points correspondent à des génomes Ebola individuels prélevés sur des patients individuels. Les taches vertes correspondent aux patients diagnostiqués en Guinée, les taches bleues aux patients diagnostiqués en Sierra Leone et les taches oranges aux cas du Liberia. Les lignes qui les relient indiquent les connexions évolutives déduites entre chaque génome échantillonné, ce qui donne un arbre phylogénétique. Les couleurs de ces lignes reflètent une inférence. Elles correspondent au calcul par Nextstrain du pays principal où se trouve la lignée.

Dans la figure 4, on peut voir que toutes les séquences précoces (avant le 25 mai 2014) cartographient en Guinée. Présenter les données de cette manière implique que le virus racine de l'épidémie (flèche rouge à gauche) a sauté chez l'homme en Guinée.

Bien que superficiellement simple, cette interprétation donne lieu à plusieurs anomalies, cependant.
Anomalies phylogénétiques liées à l'attribution de la racine à la Guinée

Comme le montre la figure 4, dès le début de l'épidémie, le virus s'est séparé en deux grandes lignées génétiques (c'est-à-dire deux branches).

Cette bifurcation est mieux visible sur la figure 5. Il s'agit d'une capture d'écran de la même page Web, mais qui se concentre uniquement sur l'origine. Elle identifie deux lignées distinctes appelées ici SL-1 et GU-1.
Gros plan de l'origine à partir de la page Ebola de Nextstrain. L'origine putative est indiquée par la flèche rouge.

Fig. 5 Gros plan de l'origine à partir de la page Ebola de Nextstrain. L'emplacement de l'origine putative est indiqué par la flèche rouge.

Des deux, la lignée GU-1 présente un cas simple. Cette lignée est apparue en Guinée (les premiers exemples sont des points verts) et la plupart des virus descendants sont également de couleur verte. En d'autres termes, de sa création à son extinction, la lignée GU-1 a été presque entièrement confinée à la Guinée. Parmi les quelques exceptions, il y a une tache orange (c'est-à-dire libérienne) dans la lignée GU-1. On peut supposer qu'une personne infectée par un virus de la lignée GU-1 a voyagé au Libéria où elle a été échantillonnée et son génome a été séquencé. Il existe également un petit groupe de taches bleues et violettes datant de début 2015 (qui ne sont pas visibles sur la figure 5). Un cluster implique, de la même manière, qu'une personne infectée a emmené la souche GU-1 en Sierra Leone, provoquant une petite épidémie dans ce pays, et que certains de ces descendants ont été diagnostiqués et séquencés.

On peut s'attendre à ce que la lignée commence en Guinée et y reste en grande partie. De plus, à partir de Nextstrain, on peut voir que la lignée GU-1 a causé relativement peu de cas (par rapport à la lignée SL-1). Cela concorde avec l'interprétation standard selon laquelle MSF a maîtrisé l'épidémie en Guinée relativement rapidement.

La lignée supérieure (SL-1) a suivi un schéma très différent. Tout d'abord, elle n'a pas été contrôlée et est devenue responsable de la majorité des cas de l'ensemble de l'épidémie d'Afrique de l'Ouest. Cette lignée s'est principalement répandue en Sierra Leone, mais elle s'est également propagée sporadiquement au Liberia (taches orange) et en Guinée, comme l'indiquent ses taches vertes. La lignée SL-1 a donc été responsable de la plupart des 30 000 cas et des plus de 11 000 décès dus au virus Ebola.

Cependant, la lignée SL-1 présente une caractéristique curieuse, mise en évidence dans la figure 6.

SL-1 commence avec trois taches vertes (guinéennes) (Kissidougou C-15, EM_079410 et EM_079442), mais leurs descendants viraux sont tous des taches bleues, ce qui signifie que ces descendants étaient tous des cas d'Ebola diagnostiqués en Sierra Leone.
Ebola 2014 : Les trois flèches roses pointent vers les trois séquences du génome guinéen à la base de la lignée SL-1.

Fig. 6. Ebola 2014 : Les trois flèches roses pointent vers les trois séquences du génome guinéen à la base de la lignée SL-1.

L'interprétation orthodoxe de ce phénomène a toujours été que l'épidémie avait débuté en Guinée et s'était propagée en Sierra Leone.

Toutefois, en y regardant de plus près, cette interprétation est difficile à soutenir, pour trois raisons. Premièrement, d'après les données sur la lignée GU-1, nous savons qu'un Guinéen transportant une souche GU-1 du virus dans un autre pays était un événement rare. Cela ne s'est produit que deux fois au cours des 18 mois de l'épidémie, une fois au Liberia et une fois en Sierra Leone. Dudas et al. ont posé cette question d'une manière différente et ont conclu que, dans l'ensemble de l'épidémie (qui était sans doute beaucoup plus importante que les 30 000 cas enregistrés), ce n'est que neuf fois qu'une personne atteinte d'Ebola est entrée en Sierra Leone depuis la Guinée (Dudas et al. 2016). L'interprétation orthodoxe exige néanmoins que, parmi la petite poignée de cas guinéens initiaux, l'un d'entre eux ait transporté le virus en Sierra Leone.

Deuxièmement, l'absence de taches vertes en aval des trois premiers indique que ces premiers cas guinéens n'ont pas réussi à infecter d'autres Guinéens.

Troisièmement, la disparition de la lignée SL-1 en Guinée a coïncidé dans le temps avec son apparition en Sierra Leone. Ainsi, la lignée SL-1 ne s'est pas seulement répandue en Sierra Leone, elle a aussi, simultanément, disparu de Guinée.

Chacune des trois exigences de la vision orthodoxe est, à première vue, quelque peu improbable. Prises ensemble, en langage scientifique, elles représentent une explication non-parsimonieuse qui suggère que nous devrions en envisager d'autres.

(Soit dit en passant, un examen attentif des données Ebola de Nextstrain montre qu'il existe des taches vertes (guinéennes) occasionnelles dans la lignée SL-1 et, plus tard, des foyers verts mineurs. L'un de ces virus est le EM_79876, indiqué par la flèche noire dans la figure 7 ci-dessous. En principe, n'importe laquelle de ces taches vertes dans la lignée SL-1 pourrait représenter la continuation d'un foyer SL-1 guinéen cryptique. Cependant, nous pouvons être assez confiants que EM_79876 [échantillonné le 5 juin 2014], et d'autres non montrés, sont plutôt des introductions transfrontalières ultérieures indépendantes du foyer de la Sierra Leone. Cette confiance découle d'abord des longs intervalles de temps entre l'identification des trois premières taches vertes et l'apparition de ces derniers échantillons [par exemple, EM_79876 a été échantillonné le 5 juin, plus de deux mois après son dernier ancêtre guinéen, qui a été échantillonné le 3 avril], et ensuite en raison de la grande similarité génétique de ces échantillons verts en aval avec les virus identifiés en Sierra Leone. Cette interprétation est confirmée par Nextstrain. Ce lien renvoie à une capture d'écran montrant en gros plan comment Nextstrain interprète la provenance des plus anciennes de ces taches vertes dans la lignée SL-1 [EM_79876 et EM_79880, tous deux échantillonnés le 5 juin 2014, et quelques autres]. En montrant ces taches vertes comme descendant d'une ou plusieurs lignes bleues, l'algorithme de Nextstrain est en accord avec notre interprétation : que ces taches vertes sont toutes des descendantes de virus trouvés en Sierra Leone, donc qu'elles sont des introductions de là-bas et ne sont pas indicatives d'une propagation cryptique en Guinée).

Figure 7. La flèche noire pointe vers un point vert au début de la lignée SL-1.

Ainsi, pour récapituler, l'arbre phylogénétique de l'ensemble de l'épidémie indique que la lignée SL-1 ne s'est pas simplement propagée de la Guinée vers la Sierra Leone, mais qu'elle y est entrée en masse. En pratique, cela signifie que tous les premiers patients en Guinée porteurs de virus de la lignée SL-1 n'ont infecté que des individus de Sierra Leone et personne de Guinée, leur pays d'origine supposé.

De telles anomalies devraient faire sourciller un chercheur un tant soit peu curieux. Pourquoi un virus racine identifié pour la première fois en Guinée ne parvient-il pas à déclencher une épidémie dans ce pays ? Pourquoi des cas en Guinée devraient-ils déclencher une épidémie en Sierra Leone ? Et pourquoi aussi la disparition de la lignée SL-1 en Guinée coïnciderait-elle dans le temps avec son apparition en Sierra Leone ?
Résoudre l'énigme de l'enracinement

Il existe une solution simple à cette énigme. Formulons l'hypothèse que les trois échantillons verts à l'origine de l'épidémie de SL1 ont été mal étiquetés ou mal attribués, et donc affectés à tort à la Guinée au lieu de la Sierra Leone.

Si l'on réétiquette chacun d'entre eux en bleu (c'est-à-dire en sierra-léonais), les premiers stades de l'arbre phylogénétique de la pandémie se divisent en deux branches, sans que l'une des lignées ne fasse un bond en avant vers la Sierra Leone. Il y a eu une origine qui, quelque temps avant le début de l'échantillonnage, s'est divisée en deux branches. Une branche (GU-1) s'est répandue en Guinée et a été largement contenue ; l'autre (SL-1) s'est répandue en Sierra Leone et n'a pas été contrôlée.

Cette hypothèse simplifie grandement le scénario, mais y a-t-il une bonne raison de suggérer de telles attributions erronées ? Il y en a une.

Selon la recherche des contacts décrite dans le rapport de MSF, certains des premiers cas en Guinée n'avaient aucun lien avec ce pays, mais semblaient provenir de Sierra Leone (qui n'est qu'à 30 km de Guéckédou). Si cela est vrai, bien que diagnostiqués en Guinée et donc attribués à la Guinée (et dotés de points verts par Nextstrain), ces patients sont mieux compris comme faisant partie d'une épidémie de Sierra Leone.

L'hypothèse est donc que les trois premiers cas verts à la racine de la lignée SL-1 ne proviennent pas vraiment de la Guinée mais représentent plutôt des retombées d'une épidémie non détectée en Sierra Leone. Ces cas ont donc été étiquetés verts uniquement parce qu'ils ont été ramassés en Guinée, où l'échantillonnage et la recherche des contacts étaient efficaces.

L'ajustement de l'arbre en conséquence fournit une solution qui s'accorde avec les preuves et qui est parcimonieuse puisqu'elle résout ce qui est autrement un état de choses très perplexe. Cependant, il y a une difficulté.

Pour que des cas se soient répandus depuis la Sierra Leone en mars 2014, il faut qu'il y ait eu Ebola en Sierra Leone. Or, officiellement, le premier cas n'y a été diagnostiqué que le 25 mai 2014 (Goba et al., 2016). Cependant, comme le montrera la prochaine section, il existe de solides preuves phylogénétiques d'une telle épidémie.

Avant de discuter de ces preuves, il est impératif de noter que l'attribution de ces trois cas à la Sierra Leone a des conséquences importantes pour la localisation de l'origine de l'épidémie. La date de prélèvement de l'un d'entre eux (Kissidougou-C15) est le 17 mars. Il s'agit du génome Ebola Makona le plus précoce jamais prélevé et les deux autres figurent également parmi les tout premiers cas connus. Ainsi, tout comme les chercheurs ont utilisé ces trois échantillons pour déduire que l'origine était en Guinée, leur réétiquetage déplace l'origine présumée vers la Sierra Leone.

Le rapport de MSF fournit des indices supplémentaires pour déterminer lequel des deux pays était la véritable source de l'épidémie. S'appuyant sur des éléments de preuve distincts, MSF a suggéré qu'il s'agissait de la Sierra Leone car : (1) la recherche des contacts a montré que certains des tout premiers cas provenaient de Sierra Leone ; (2) l'épidémie en Guinée a été mystérieusement dispersée (et notez également que les premiers cas de Baize et al. Bien que situés en Guinée, les premiers cas de Baize et al. se trouvaient tous à différents points de la frontière avec la Sierra Leone) ; (3) lorsque MSF s'est installé à Kailahun (en Sierra Leone), l'épidémie était déjà bien plus grave à Kailahun qu'en Guinée ; (4) le rapport de MSF suggérait également qu'une épidémie en Sierra Leone était " cachée " par des procédures de diagnostic médiocres ou inexistantes. Le courriel de Phillippe Barboza, de l'OMS, corrobore ces propos en alléguant séparément qu'à Kenema, Metabiota faisait " systématiquement obstruction " à la surveillance. L'absence de surveillance et de séquençage en Sierra Leone est importante. Elle suffirait à expliquer pourquoi, s'il y avait un foyer en Sierra Leone qui se propageait occasionnellement en Guinée, aucun échantillon de Sierra Leone (points bleus) ne figure à la base de la lignée SL-1.

La section suivante aborde donc cette question clé : y a-t-il eu une épidémie précoce en Sierra Leone ?
Autres preuves d'une épidémie cachée en Sierra Leone

L'inspection des séquences génomiques à la base de la branche SL-1 révèle une autre anomalie.

La première séquence du génome Ebola provenant officiellement de Sierra Leone est une entrée appelée EM_095. Elle a été obtenue à partir d'un patient le 25 mai 2014. Cette date se situe plus de deux mois après le prélèvement des premiers cas guinéens confirmés. Le jour suivant (26 mai), deux autres échantillons de patients ont été prélevés en Sierra Leone et séquencés ultérieurement, il s'agit des accessions Ebola G_3677 et EM_096. Le génome de G_3677 diffère de celui de EM_095 par quatre mutations, tandis que celui de EM_096 diffère de celui de EM_095 par sept mutations. Un jour plus tard, le 27 mai, l'accession Ebola G_3670 a été obtenue à partir d'un autre patient. Elle diffère de EM0_95 par six mutations. Le jour suivant (28 mai), G_3679 a été obtenu. Il diffère également de EM_095 par six mutations. Cependant, ces six mutations ne sont pas les mêmes que celles par lesquelles G_3670 diffère de EM_095. Ce que ce séquençage du génome indique, c'est qu'une diversité génétique substantielle dans la population du virus Ebola existait déjà en Sierra Leone au moment où les médecins de ce pays ont commencé les tests.

Cette diversité a une signification simple. Elle n'a pas été générée en quatre jours ; elle montre plutôt que des mutations s'étaient accumulées dans une population virale non échantillonnée. L'épidémie virale en Sierra Leone existait donc depuis un certain temps avant le 25 mai.

Les efforts de séquençage ultérieurs en Sierra Leone, qui ont été beaucoup plus complets, ont permis de découvrir d'autres preuves de diversité précoce, confirmant et étendant ainsi cette découverte.

Cette grande diversité virale qui existait avant le 25 mai est apparente dans l'arbre phylogénétique de Nextstrain (voir figure 8, ci-dessous). Elle apparaît comme un ensemble de lignes bleues bifurquantes avant le 25 mai. Un arbre bifurquant sans taches (c'est-à-dire sans échantillons), tel que mis en évidence dans la figure 8 par l'ovale rouge, représente la prédiction par Nextstrain d'intermédiaires viraux au début de la croissance de la lignée SL-1, même si ceux-ci n'ont jamais été échantillonnés.

Fig. 8 Bifurcations non échantillonnées au début de la phylogénie de la lignée SL-1.

Il est important de noter que cette diversité dans la lignée SL-1 avant la fin du mois de mai ne provenait probablement pas d'une épidémie survenue à ce moment-là dans la Guinée voisine. En effet, comme le montrent également les chiffres, la Guinée a effectué de nombreux tests et séquençages (nombreux points verts) avant le 25 mai. Si ces souches ou d'autres souches virales avaient existé en Guinée, elles auraient probablement été détectées par la recherche des contacts et les autres mesures prises dans ce pays, mesures dont nous savons qu'elles étaient suffisamment complètes à l'époque pour supprimer l'épidémie en Guinée.

Comme indiqué ci-dessus, la littérature scientifique contient des dizaines d'articles détaillant les événements de l'épidémie d'Ebola Makona. Parmi ceux qui ont été publiés dans des revues de renom, ou dans l'un des quatorze articles présentant une analyse phylogénétique de l'épidémie, il n'y a aucune mention de ces anomalies. Cependant, trois articles rarement cités dans des revues peu prestigieuses (l'un d'entre eux figure même dans un "supplément") reconnaissent les déficiences des premiers efforts d'échantillonnage, de recherche des contacts et de détermination des cas en Sierra Leone, c'est-à-dire à la base de la lignée SL-1 (Wauquier et al., 2015 ; Goba et al., 2016 ; Senga et al., 2017).

Bien qu'ils soient publiés dans des revues de rang inférieur, ces trois derniers articles sont des points de données clés car ils représentent des chercheurs et des épidémiologistes en Sierra Leone qui corroborent l'évaluation de MSF d'une épidémie manquante ou " cachée " en Sierra Leone.
La phylogénie : un résumé

Il apparaît clairement que le récit orthodoxe d'une origine guinéenne de l'épidémie d'Ebola 2014 est incompatible à plusieurs égards avec l'arbre phylogénétique accepté. Une anomalie majeure est la migration précoce inexpliquée de la lignée SL-1 de la Guinée vers la Sierra Leone. La seconde est l'apparition soudaine et inexpliquée, fin mai et début juin 2014, de diverses souches d'Ebola en Sierra Leone, ce qui implique l'existence d'une importante épidémie non détectée dans ce pays. Cependant, ces deux anomalies sont cohérentes entre elles et avec la résolution que nous proposons, à savoir que le premier cas confirmé (Kissidougou C-15) et deux autres diagnostiqués en Guinée représentent des retombées de la Sierra Leone et non une origine en Guinée.

En outre, d'après le rapport de MSF et les courriels de l'OMS découverts par AP, il est plus probable que l'épidémie ait commencé en Sierra Leone et ne se soit propagée que plus tard en Guinée.

Cet assemblage de preuves est intéressant à plusieurs titres. Non seulement il provient de sources diverses (phylogénétique, épidémiologie, correspondance par courrier électronique), mais il crée également un récit alternatif cohérent qui correspond à toutes les données actuellement disponibles. Dans l'ensemble, la conclusion évidente est que l'épidémie d'Ebola de 2014 a débuté en Sierra Leone et non en Guinée.

Cependant, une origine sierra-léonaise n'est pas en soi une origine de laboratoire.

Quelle est l'origine de la souche Makona ?

Une question majeure demeure néanmoins avant d'envisager la possibilité d'une origine laboratoire : quelle est l'origine de la souche Makona ?

La souche Makona d'Ebola n'est pas une souche standard ou connue, et elle n'est pas non plus similaire à une souche publiée. Elle est nouvelle et comporte environ 400 mutations qui ne se retrouvent dans aucune souche d'Ebola connue auparavant (Gire et al., 2014).

Par conséquent, pour que l'épidémie d'Ebola de 2014 ait commencé dans un laboratoire, la souche Makona doit soit représenter l'échappement d'une souche non publiée, peut-être une souche collectée lors de travaux sur le terrain en Afrique centrale. Ou bien, Makona pourrait être un dérivé radicalement manipulé d'une souche connue, soit par génie génétique, soit par passage. Une combinaison de ces deux possibilités devrait également être envisagée.

Parmi ces deux possibilités, nous savons qu'à l'époque, le virus Ebola et d'autres virus étaient recherchés chez les animaux sauvages du bassin du Congo dans le cadre du projet PREDICT de l'USAID. Les principaux acteurs de ce projet étaient la Wildlife Conservation Society (WCS) et Metabiota, qui était à l'époque un partenaire du VHFC.

Les chercheurs de ces deux organisations ont parcouru le bassin du Congo et ont collecté un grand nombre d'échantillons de sang, d'échantillons fécaux et d'autres matériels génétiques provenant d'animaux sauvages probablement sources d'Ebola : chauves-souris, animaux capturés pour la viande de brousse et grands singes (Olson et al., 2012 ; Reed et al., 2014 ; Seimon et al., 2015 ; Kumakamba et al., 2021). D'autres échantillons ont été obtenus à partir de patients humains du Congo (Grard et al., 2012). Une partie de cette activité de prospection se chevauche dans le temps avec l'épidémie en Afrique de l'Ouest.

Ainsi, une possibilité est que Metabiota, ou d'autres collecteurs, aient utilisé le laboratoire du VHFC à Kenema dans le cadre d'une chaîne du froid pour la conservation des échantillons apportés du bassin du Congo. Cela aurait pu être nécessaire car le bassin du Congo est historiquement une région politiquement instable et moins favorable aux intérêts américains. Le laboratoire de Kenema peut également avoir été utilisé pour le dépistage ou le test initial de ces échantillons. Une troisième possibilité est le partage formel ou informel d'échantillons ou de souches avec les contacts du VHFC ou des collègues à Kenema, peut-être pour aider au développement de traitements commerciaux ou d'outils de diagnostic.

Les types d'échantillons qui auraient pu transporter Ebola depuis le bassin du Congo comprennent des échantillons de sang et de tissus d'animaux sauvages, des échantillons d'humains suspectés d'être malades, et même des animaux entiers ou des patients eux-mêmes. La possibilité que le site de Kenema ait été utilisé pour le dépistage ou le test d'échantillons collectés dans d'autres pays est particulièrement intrigante à la lumière de la déclaration faite par Matt Boisen à Reuters : "nous avons la capacité de faire beaucoup plus dans le même laps de temps".

Compte tenu de ces potentialités, il est remarquable de découvrir qu'en juillet 2014, pendant l'épidémie, le VHFC a rédigé un bref rapport dans lequel il accusait Metabiota d'une activité qui serait encore plus risquée. Le VHFC a accusé le personnel de Metabiota à Kenema de cultiver des cellules provenant de patients atteints d'Ebola, ce qui, selon eux, était dangereux et devait "être arrêté immédiatement."

Metabiota a émis un démenti nuancé, mais l'allégation est hautement crédible puisque les deux organisations partageaient le même site ; de plus, ses implications sont très importantes. Elle suggère, premièrement, que Metabiota avait intérêt à cultiver de nouvelles souches d'Ebola, deuxièmement, qu'elle avait la capacité technique et le personnel compétent pour le faire à Kenema, et troisièmement, qu'elle était prête à prendre des risques exceptionnels. Comme l'indique le VHFC, la culture d'Ebola dans un petit laboratoire non certifié et non sécurisé serait très dangereuse - la culture de virus est normalement considérée comme l'étape de biosécurité la plus problématique dans la recherche sur les virus puisqu'il s'agit d'un processus d'amplification. Cette allégation soulève donc, de manière très concrète, la question de savoir ce que Metabiota aurait pu faire à Kenema avant l'épidémie.

Nous savons également, d'après l'histoire des infections acquises en laboratoire par le virus Ebola et les virus similaires, que la transmission à l'homme ne nécessite pas la culture du virus et peut résulter d'accidents de recherche avec des animaux vivants ou décédés, avec des tissus isolés ou par la manipulation d'échantillons de patients (Luby et al., 1969 ; Emond et al., 1977 ; Formenty et al., 1999 ; Anonyme, 2004). Il est également important de noter que, dans certains de ces cas, la présence d'Ebola dans l'échantillon n'était pas connue au moment où l'accident s'est produit.

Ainsi, étant donné les intérêts de recherche et les capacités du laboratoire VHFC de Kenema et de ses collaborateurs, il est relativement simple de théoriser comment une nouvelle souche d'Ebola, comme Makona, a pu atteindre Kenema et s'y répandre au cours d'activités de recherche de routine.

Le double rôle de Metabiota est également intéressant. Outre la collecte d'échantillons dans la nature, Metabiota est également la société qui, du moins selon MSF et l'OMS, a entravé ou mal géré les tests et les diagnostics à Kenema et qui, selon Sylvia Blyden, a "mis le bazar dans toute la région". Si une erreur de recherche de la part de Metabiota était à l'origine de la souche (et l'incompétence de Metabiota a été largement alléguée), ou même si l'on soupçonnait qu'elle l'était, la société aurait eu tout intérêt à " bousiller " également l'identification des premiers cas et à masquer ainsi l'origine.
Coupures de financement

Il est également possible que le gouvernement de la Sierra Leone ait soupçonné qu'Ebola provenait du laboratoire de Kenema.

Le 23 juillet 2014, en pleine épidémie d'Ebola, son ministère de la Santé et de l'Assainissement a utilisé sa page Facebook (aujourd'hui supprimée) pour énoncer une série d'ordres. Celles-ci ont été largement relayées par les médias sierra-léonais et devaient "entrer en vigueur immédiatement".

L'une des injonctions demandait à l'"Université Tulane" (l'établissement d'origine de Robert Garry) et au centre de traitement de Kenema de ne plus admettre de nouveaux patients. "Tulane" a également reçu l'ordre de quitter le laboratoire de Kenema. La quatrième partie demandait au laboratoire de Kenema "d'arrêter les tests Ebola pendant l'épidémie actuelle d'Ebola".

Cette dernière instruction est particulièrement intrigante. Littéralement, elle implique que le laboratoire menait des recherches sur le virus. Cependant, la formulation est ambiguë ; il est fort possible, étant donné les circonstances, que le laboratoire ait seulement reçu l'instruction de cesser les tests sur le virus Ebola. Quoi qu'il en soit, dans le contexte d'une épidémie catastrophique, la fermeture publique d'un important site international de dépistage et de traitement est une mesure apparemment contre-productive mais frappante.

En outre, à peine deux semaines plus tard, le 7 août 2014, toujours en pleine épidémie, le gouvernement américain a annoncé une décision similaire. Il a réduit le financement de Tulane et du VHFC.

Comme le rapporte Reuters : "Les Instituts nationaux de la santé ont rejeté une proposition de l'Université Tulane, basée à la Nouvelle-Orléans, de renouveler le contrat de cinq ans qui expire en novembre, selon une lettre du 30 juillet des NIH examinée par Reuters. Le contrat qui expire est d'une valeur de 15 millions de dollars."

"Le NIH a refusé de commenter la décision", invoquant "les règles d'intégrité des marchés publics fédéraux".

Le consortium a néanmoins réussi à obtenir d'autres sources de financement. Fin 2014, Corgenix a reçu une perfusion de plus de 800 000 dollars de la Fondation Bill et Melinda Gates et de la Fondation de la famille Paul G. Allen qu'il a partagée avec ses partenaires.

Le 17 octobre 2014, le président Barack Obama a nommé Ron Klain "tsar de l'Ebola". Klain est maintenant chef de cabinet dans l'administration Biden. Le même jour, la Maison Blanche d'Obama a institué une "pause dans le financement de toute nouvelle étude comprenant certaines expériences de gain de fonction impliquant les virus de la grippe, du SRAS et du MERS."

La déclaration officielle faisait le lien entre cette décision et les récents incidents de biosécurité survenus dans des installations de recherche fédérales, qui avaient fait l'objet d'une certaine couverture médiatique. Le New York Times a rendu compte de cette décision, notant que la pause : "ne fait aucune mention d'Ebola ou de tout autre filovirus connexe".

Toutefois, le moment de l'annonce laisse penser que la pause de la recherche et l'épidémie d'Ebola étaient liées.
Les chercheurs ont-ils modifié l'analyse phylogénétique pour dissimuler l'origine de l'épidémie d'Ebola de 2014 ?

Parce qu'un grand nombre de génomes d'Ebola ont été séquencés au cours de l'épidémie d'Ebola de 2014-2016, une succession d'articles scientifiques majeurs sont parus qui analysaient l'épidémie de manière très détaillée d'un point de vue phylogénétique (Dudas et Rambaut, 2014 ; Baize et al, 2014 ; Gire et al., 2014 ; Carroll et al., 2015 ; Hoenen et al., 2015 ; Ladner et al., 2015 ; Park et al., 2015 ; Simon-Loriére et al., 2015 ; Quick et al., 2016 ; Tong et al., 2016 ; Arias et al., 2016 ; Holmes et al., 2016 ; Dudas et al., 2017). Beaucoup d'entre elles ont accordé une attention particulière au début de l'épidémie et à l'établissement de l'identité du virus racinaire et de sa localisation géographique.

Tous ont placé sans ambiguïté l'origine de la flambée en Guinée. Aucun d'entre eux ne semble avoir réfléchi à la manière dont le fait de placer la racine à cet endroit génère les questions et les anomalies évoquées ci-dessus.

Une explication partielle de cette conviction que l'épidémie a commencé en Guinée est que, dans une situation d'épidémie, il existe deux méthodes standard pour établir l'identité d'un virus racine (Lyons-Weiler et al., 1998). Les deux méthodes commencent par la construction d'un arbre phylogénétique sans racine (qui démontre simplement la parenté de tous les virus de l'ensemble des données sans attribuer un virus racine). Pour choisir un virus racine, on utilise un sous-groupe génétique sous la forme d'un (ou plusieurs) génome(s) légèrement plus éloigné(s), en partant du principe que le virus racine d'une épidémie sera celui qui est le plus étroitement lié au(x) sous-groupe(s). La plupart des arbres phylogénétiques sont générés avec cette méthode. La deuxième méthode utilise la chronologie des échantillons pour déduire le virus racine. Le raisonnement est que le virus racine sera (ou sera étroitement lié à) les premiers virus échantillonnés (Drummond et al., 2006).

Cette dernière méthode, puisqu'elle repose sur la datation des échantillons, présente un défaut potentiel majeur : une susceptibilité aux biais d'échantillonnage. Supposons que l'épidémie ait commencé en Sierra Leone mais que les échantillons n'y aient été prélevés que longtemps après le début de l'échantillonnage en Guinée. Dans ce cas, une méthode reposant sur la datation des échantillons placerait à tort le virus racine en Guinée. Ce défaut est bien connu des experts en phylogénétique (Liu et al., 2020 ; Kumar et al., 2021). Comme le disent Kumar et al :

"Certaines méthodes intègrent également les temps d'échantillonnage dans l'inférence phylogénétique, mais elles privilégient automatiquement le placement des génomes échantillonnés les plus anciens à la racine de l'arbre ou à proximité. Ce fait introduit une circularité dans le test de l'hypothèse selon laquelle les génomes échantillonnés les plus précoces étaient ancestraux, car le temps d'échantillonnage est utilisé dans la procédure d'inférence."

Pour quiconque sait (ou soupçonne) que l'échantillonnage a commencé préférentiellement à un seul endroit, dans ce cas parce que MSF n'a été initialement invité qu'en Guinée ou parce que Metabiota et Tulane ont bâclé leur réponse (comme cela a été largement allégué), alors s'appuyer sur la datation des échantillons pour déduire la racine de l'épidémie de 2014 revient à un raisonnement circulaire.

Cependant, chacun des 13 articles de phylogénie énumérés ci-dessus a utilisé la datation des échantillons pour localiser le virus racine. Seuls quatre d'entre eux ont également utilisé une méthode hors groupe. Sur ces quatre, trois n'ont pas explicitement testé (ou indiqué) si l'enracinement hors groupe confirmait le résultat de la datation (Gire et al., 2014 ; Dudas et Rambaut, 2014 ; Holmes et al., 2016). Pour le quatrième, ce test était prématuré puisque seules trois séquences génomiques (toutes de Guinée) étaient alors disponibles (Baize et al., 2014).

En d'autres termes, même si beaucoup de ces articles ont été publiés dans les plus grandes revues scientifiques, comme Science (Gire et al., 2014 ; Hoenen et al., 2015), Nature (Carroll et al., 2015 ; Simon-Loriére et al., 2015 ; Quick et al, 2016 ; Tong et al., 2016 ; Holmes et al., 2016 ; Dudas et al., 2017) et Cell (Park et al., 2015), leurs conclusions, selon lesquelles l'épidémie a commencé en Guinée, ne sont pas solides en raison de cette circularité et de l'absence d'utilisation d'un groupe extérieur.

Les auteurs principaux (et vraisemblablement les pairs examinateurs) étaient certainement conscients de la circularité du fait de s'appuyer uniquement sur la chronologie. Nombre de ces auteurs devaient également être au courant du rapport de MSF et de l'enquête de l'AP. Pourquoi alors l'étape évidente consistant à tester la racine guinéenne avec un groupe extérieur a-t-elle été omise dans tous ces articles ? Était-ce parce que cela aurait contredit une origine guinéenne ?

Nous ne sommes pas en mesure de réparer cette omission. Cependant, ce que nous pouvons dire, c'est que le fait de ne pas corroborer la méthode de l'horloge, manifestement défectueuse, par un test évident est une omission très déroutante et troublante - d'autant plus que le fait de placer l'origine en Guinée génère des anomalies génétiques et épidémiologiques claires.

Notre conclusion, rien qu'à partir de la phylogénie de l'épidémie, est que, tout comme les études épidémiologiques sur Emile et Meliandou, la certitude avec laquelle les chercheurs ont placé l'origine en Guinée est injustifiée. Il est beaucoup plus probable que le véritable site d'émergence se trouve en Sierra Leone.

Un groupe soudé de chercheurs contradictoires

La totalité des preuves phylogénétiques, qui soutiennent la Sierra Leone comme source, doit être considérée parallèlement à toutes les autres preuves pertinentes pour l'origine. Comme indiqué ci-dessus, malgré de nombreuses recherches, il n'existe à ce jour aucune preuve d'un réservoir animal pour l'Ebola zaïrois en Afrique de l'Ouest (Goldstein et al., 2018). L'apparition soudaine de la souche Makona dans la région était donc inattendue et reste inexpliquée. En outre, les enquêtes épidémiologiques menées en Guinée et en Sierra Leone n'ont pas été concluantes et peu convaincantes. Il y a cependant eu un seul cas de débordement, ce qui est également cohérent avec une origine de laboratoire. Enfin, il existait à proximité un laboratoire de recherche spécialisé dans les fièvres hémorragiques virales. Le laboratoire du VHFC a peut-être ou non hébergé des virus Ebola, mais il avait certainement des antécédents douteux en matière de biosécurité.

Toutes les preuves, y compris la phylogénie, sont donc cohérentes avec une origine de laboratoire. Il est donc extrêmement difficile de comprendre pourquoi l'épidémie d'Ebola de 2014 en Afrique de l'Ouest a été citée à plusieurs reprises comme un exemple clair d'une épidémie zoonotique.

Par conséquent, comme Chernoh Bah avant nous, le contraste extrême non reconnu entre le récit standard et la base de preuves nous a obligés à nous demander s'il n'y avait pas, à un certain niveau, un effort scientifique concerté pour détourner l'attention du VHFC et de son laboratoire à Kenema.

Certaines observations concernant les auteurs de ces articles phylogénétiques sur l'origine de l'épidémie d'Ebola de 2014 (ainsi que les articles épidémiologiques) semblent pertinentes.

Le premier point est le modèle de chevauchement substantiel des auteurs parmi les articles qui ont étudié l'épidémie et en particulier parmi les analyses phylogénétiques qui ont placé l'origine en Guinée. Certains de ces chevauchements sont mis en évidence dans le tableau 1.

Tableau 1 : Chevauchement d'auteurs dans les publications épidémiologiques et phylogénétiques sur l'épidémie d'Ebola de 2014.

Un ou plusieurs de ces six chercheurs seulement sont représentés sur toutes ces publications : Robert Garry, Andrew Rambaut, Stephan Gunther, Kristian Andersen, Pardis Sabeti et Edward Holmes sont les auteurs principaux de presque toutes ces publications. Parmi les deux exceptions, l'une porte uniquement sur l'épidémie malienne (Hoenen et al., 2015). La seconde provient du CDC de Chine (Tong et al., 2015). (Cependant, l'un des auteurs principaux de cet article est George Gao, le chef du CDC chinois récemment parti et un associé de longue date de Rambaut et Holmes).

Deuxièmement, de nombreux auteurs sont désormais des personnalités très en vue dans les disciplines scientifiques de la virologie évolutive et de l'épidémiologie (Andrew Rambaut, Robert Garry, George Gao, Edward Holmes, Gytis Dudas, Kristian Andersen, Wu-Chun Cao, Andreas Gnirke, Patrick Drury, Pierre Formenty, Trevor Bedford, Jonathan Towner, Gustavo Palacios, Stuart Nichol). L'un d'entre eux est le célèbre généticien Eric Lander, qui, jusqu'à ce qu'il soit contraint de démissionner en février 2022, était le principal conseiller scientifique du président Biden et est le directeur fondateur du prestigieux Broad Institute, dont le laboratoire Sabeti est un partenaire du VHFC. (Gire et al., 2014).

Troisièmement, la plupart des auteurs principaux des articles sur la phylogénie (notamment Robert Garry, Kristian Andersen, Pardis Sabeti, Erica Ollman Saphire, Daniel Park et Stephen Gire) et de nombreux auteurs moins connus sont directement liés au VHFC et à son laboratoire de Kenema. Ces auteurs, en particulier, ont un conflit d'intérêt à l'échelle de leur carrière, qu'ils peuvent également penser être éclipsé par la possibilité d'être impliqué dans 11.000 décès.

Enfin, face aux soupçons généralisés d'une origine de laboratoire pour le SRAS-CoV-2, plusieurs de ces mêmes auteurs (Robert Garry, Andrew Rambaut, Kristian Andersen, Edward Holmes et Stuart Nichol) sont peut-être devenus les défenseurs les plus éminents et les plus ardents d'une origine zoonotique pour le COVID-19.

La façon dont ce chevauchement s'est produit semble être une question clé pour les épidémies d'Ebola et de SRAS-CoV-2.

Comme nous l'avons appris grâce aux demandes de la loi sur la liberté d'information, au début de la pandémie de COVID-19, Anthony Fauci, directeur du NIAID, a secrètement demandé à un petit groupe de virologues de s'entretenir avec lui (voir p3134 de ces e-mails) pour savoir si le SRAS-CoV-2 provenait d'un laboratoire. Au fur et à mesure que s'accumulaient les preuves d'une origine de laboratoire pour le COVID-19, ce groupe s'est transformé en ce que nous avons appelé l'équipe SWAT d'Anthony Fauci pour l'origine du COVID. Non seulement ses membres étaient les principaux défenseurs des théories de l'origine de laboratoire, mais ils ont même adopté un grand nombre des mêmes stratégies et tactiques de détournement scientifique et phylogénétique que celles décrites ci-dessus pour supprimer la spéculation sur l'origine de laboratoire du COVID-19.

Le groupe de discussion initial de Fauci comprenait les docteurs Garry, Rambaut, Andersen et Holmes, mais quelle expertise apportaient-ils à la table ? Rambaut et Holmes avaient contribué à une poignée de publications sur l'évolution des coronavirus. En revanche, Garry et Andersen, selon la base de données standard, Google Scholar, n'avaient jamais rédigé un seul article sur les coronavirus avant de rejoindre le groupe. Est-il possible, par conséquent, que lorsque le COVID-19 a éclaté à Wuhan, la considération la plus importante dans l'esprit d'Anthony Fauci lorsqu'il a choisi son cercle secret n'était pas l'expertise scientifique mais plutôt de trouver des chercheurs familiers avec les défis scientifiques et politiques posés par une épidémie potentielle en laboratoire ?

Ce lien entre Ebola 2014 et COVID-19 soulève une question finale : dans quelle mesure l'épidémie de COVID-19, avec son origine probable en laboratoire, est-elle un événement répété ? Le COVID-19 est-il le prix à payer pour ne pas mener des enquêtes ouvertes, approfondies et médico-légales sur les épidémies de virus, et pour laisser ces tâches à la merci des chercheurs les plus intéressés ?

En outre, il est difficile de ne pas remarquer que le régime de financement de la recherche sur les agents pathogènes a spectaculairement récompensé les chercheurs les plus impliqués dans l'épidémie d'Ebola 2014. Bien que le VHFC et/ou son partenaire de l'époque, Metabiota, soient des candidats sérieux pour avoir initié l'événement, et bien qu'ils soient aussi largement considérés comme ayant "gâché toute la région" en bâclant la réponse initiale, le VHFC a largement profité de la catastrophe. Non seulement son personnel a pu publier de nombreux articles dans des revues prestigieuses et ainsi améliorer considérablement sa carrière, mais le VHFC dispose désormais d'une clinique trois fois plus grande que l'ancienne. En 2016, l'US Navy a construit une toute nouvelle clinique à Kenema, dotée de systèmes de recherche, de biosécurité, d'approvisionnement en eau et de décontamination à la pointe de la technologie, y compris un bâtiment entièrement nouveau pour servir de "dépôt biologique" (Goba et al., 2016).

Ces récompenses perverses sont des formes d'injustice. Comme toute injustice, elles s'épanouissent dans l'obscurité. Pour servir la justice, ainsi que pour aider à prévenir de futures épidémies, les populations d'Afrique de l'Ouest méritent que la lumière la plus intense possible soit faite sur la question de savoir pourquoi Ebola est arrivé chez elles en 2014.
 

* Sam Husseini est un journaliste indépendant. Jonathan Latham, PhD, est un virologue.

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