La souche originelle du Coronavirus est surreprésentée chez les patients étatsuniens, l'épidémie en Chine aurait pu débuter dès septembre 2019

Selon une équipe de généticiens britanniques de Cambridge, le coronavirus transmissible aux humains aurait trois souches issus de mutations successives sans qu'il y ait de létalité augmentée.

Le Dr Peter Forster et son équipe ont découvert que le Royaume-Uni était principalement bombardé de cas de type B, les trois quarts des échantillons testés étant de cette souche. La Suisse, l'Allemagne, la France, la Belgique et les Pays-Bas étaient également dominés par le type B (Daily mail)

Les chercheurs ont initialement examiné le génome de 160 virus (ils en sont à 1001 dernièrement) provenant de patients du monde entier et ont comparé tous ces génomes entre eux, ainsi qu'avec celui du coronavirus initialement présent chez les chauves-souris.  La souche de type A serait la souche d'origine. En effet, les analyses phylogénétiques effectuées ont montré que le type A est le plus proche de celui que l'on trouve chez les chauves-souris et les pangolins. Il s'agit de la souche la plus fréquemment retrouvée en Australie et aux Etats-Unis. Les résultats ont montré que le type A était le plus répandu en Australie et aux États-Unis, qui ont enregistré plus de 400 000 cas de COVID-19. Les deux tiers des échantillons étatsuniens étaient de type A - mais les patients infectés venaient principalement de la côte ouest, et non de New York.

Selon The Daily Mail, "l'étude a mis en évidence une bizarrerie : la souche A originelle s'est répandue sur la côte ouest des États-Unis alors qu'elle n'était pas la plus répandue en Chine, la souche B.". Les auteurs considèrent que leur étude est encore insuffisamment avancée puisqu'ils n'ont évalué qu'une partie des échantillons.

Cette souche A aurait muté en une souche de type B qui se serait multipliée à Wuhan et serait à l'origine de l'épidémie. Cette souche B serait prévalente en Asie et la forme mutée de type C, "fille" du type B, se serait répandue en Europe et a été diffusée via Singapour en Italie. L'étude initiale publiée dans PNAS, suggérait initialement que le type C était le plus courant en Europe. Dans leur nouvelle étude, qui n'a pas fait l'objet d'un examen par les pairs, Forster et ses collègues de plusieurs instituts, dont l'Institut de génétique médico-légale de Munster, en Allemagne, ont élargi la base de données pour y inclure 1 001 séquences du génome complet de haute qualité publiées par des scientifiques du monde entier. Leur analyse plus récente sur des données plus vastes, retrouvent que la souche B serait très répandue en Allemagne, Suisse, France. En effet, tous les 31 échantillons de SRAS-CoV-2 prélevés sur des patients en Suisse, sauf un, faisaient partie du type B.

L'histoire génétique du coronavirus a été cartographiée du 24 décembre au 4 mars, révélant trois variantes distinctes, mais étroitement liées. (c) Daily Mail

Les scientifiques pensent que le virus - officiellement appelé SRAS-CoV-2 - est en constante mutation pour surmonter la résistance du système immunitaire dans différentes populations. Selon les chercheurs, les mutations ne sont pas associées à une létalité plus élevée. D'autres part, leurs recherches phylogénétiques vont à l'encontre d'une théorie de fabrication artificielle du virus. Pour ces scientifiques le génome du virus montre qu'il a bien commencé chez les chauves-souris.

Enfin selon le généticien de Cambridge, Peter Forster, repris par le SCMP, la souche virale originelle de coronavirus pourrait avoir été présente en Chine beaucoup plus tôt, à savoir dès septembre : "Le virus peut avoir muté vers sa forme finale adaptée pour les humains il y a des mois, mais est resté à l'intérieur d'une chauve-souris ou d'un autre animal ou même d’un homme pendant plusieurs mois sans infecter d'autres personnes. Ensuite il a commencé à infecter les humains et à se propager entre le 13 septembre et le 7 décembre".

Sources :
- The Daily Mail There are THREE distinct strains of the novel coronavirus in the world and while China's epidemic was driven by an early mutation that quickly spread in the UK, the US is suffering from an original variation
- PNAS Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
- SCMP Coronavirus outbreak may have started in September, say British scientists

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