Les tests de dépistage du COVID-19 ont-ils aggravé la crise ? (Off Guardian)

Les tests de dépistage du COVID-19 ont-ils aggravé le problème ?
Article originel : Has COVID-19 Testing Made the Problem Worse?
Par Kevin Ryan
Off Guardian


Note de SLT : pour une synthèse sur les erreurs majeures de dépistage du Covid 19 allez directement au résumé en bas de page.

Les inquiétudes concernant le virus SARS-COV-2 qui cause la maladie appelée COVID-19 se sont concentrées sur les taux de mortalité déclarés. Cependant, les erreurs de déclaration de ces taux ont entraîné une confusion quant aux véritables conséquences sur la santé. Comme les taux estimés dépendent du test utilisé pour identifier les patients infectés, la compréhension de ce test et de son historique pourrait apporter une clarté bien nécessaire.

Les erreurs dans les taux de mortalité déclarés sont dues à des erreurs de calcul. Par exemple, le taux de létalité mesuré (nombre de décès divisé par le nombre de patients activement infectés) a été mis sur le même pied que le taux de mortalité réel (nombre de décès divisé par le nombre de patients qui ont été infectés). Ce dernier chiffre est inconnu et ne sera connu que lorsque des titrages d'anticorps pourront être effectués pour savoir qui a été infecté précédemment.

Mais ce taux de mortalité réel devrait être beaucoup plus faible, peut-être autour de 0,3 %, selon les estimations d'un épidémiologiste de l'université de Stanford.

Une autre erreur courante a été d'attribuer le décès de toutes les personnes infectées au COVID-19, indépendamment des autres maladies préexistantes.

Cette erreur a été amplifiée par les gouvernements qui ont imposé que tous les décès de patients présumés soient répertoriés comme des décès dus au COVID-19, même si le patient n'a jamais été testé pour le SRAS-COV-2.

Les erreurs de taux de mortalité seraient encore aggravées s'il y avait des erreurs dans les tests de présence du virus. Il est de plus en plus évident que la fiabilité de ces tests a été sérieusement remise en question.

Le test en question utilise une technique appelée "reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction" (RT-qPCR) pour identifier la présence d'ARN du SARS-COV-2. Les tests suivent des protocoles différents selon les pays et le premier problème a été constaté en Chine, l'origine déclarée du virus.

Le mystère chinois

Une étude scientifique a été réalisée en Chine sur des sujets qui avaient été en contact étroit avec des patients infectés par le SRAS-COV-2. Les résultats ont été examinés par des pairs et publiés dans le Journal chinois d'épidémiologie le 5 mars 2020.

La conclusion de l'étude, fondée sur des données, était que "près de la moitié, voire plus" des patients dont le test était positif pour le SRAS-COV-2 n'étaient pas réellement porteurs du virus. En d'autres termes, la moitié des résultats étaient des faux positifs.

Pour mettre les choses en perspective, cette étude a été examinée par des pairs et publiée dans une revue d'État chinoise un mois après que le COVID-19 aurait dépassé l'épidémie de SRAS de 2003 et juste au moment où l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que l'épidémie était une pandémie. C'était un mois entier après que la Chine ait ordonné un blocage affectant plus de 36 millions de personnes.

Mystérieusement, cette étude revue par des pairs a été retirée quelques jours après sa publication et n'est plus disponible pour examen. En réponse, une équipe d'enquêteurs a demandé à un étudiant chinois de troisième cycle de contacter l'auteur principal de l'étude, le Dr GH Zhuang, pour obtenir des explications.

Le Dr Zhuang a répondu par e-mail mais n'a pas cité de raison pour le retrait de l'article, disant seulement qu'il s'agissait d'une "question sensible".

D'autres ont ensuite fait l'hypothèse erronée que l'auteur avait identifié une erreur scientifique alors qu'une telle erreur n'a jamais été identifiée.

Comme l'a rapporté l'équipe d'enquête qui a contacté le Dr Zhuang :

    Sans accès au document, personne ne peut évaluer la valeur du travail ou déterminer s'il souffre d'une faille scientifique. On ignore également si le document a été rétracté pour des raisons politiques".

Pour comprendre le concept de faux positif, il faut savoir que les méthodes d'analyse doivent être équilibrées par rapport à des considérations de qualité telles que la sensibilité et la spécificité.

Si un test n'est pas assez sensible, la cible ne sera pas trouvée lorsqu'elle est présente, donnant un faux négatif. Si un test n'est pas assez spécifique, un autre élément de l'échantillon sera identifié comme étant la cible alors qu'elle ne l'est pas, ce qui donne un faux positif.

Dans ce cas, un faux positif pourrait signifier que le test réagit à un autre virus ou à une autre source génétique. Le test pourrait également détecter la présence de résidus du SRAS-COV-2 lorsqu'une personne précédemment infectée n'est plus malade. Enfin, même de très petites quantités de contamination en laboratoire peuvent provoquer un faux positif.

Quelle qu'en soit la cause, les faux positifs signifient des taux de mortalité plus élevés, plus de confusion, plus de peur et plus de mauvaises décisions.

Le test RT-qPCR pour le SARS-COV-2 est utilisé comme un test qualitatif, malgré le nom de la technique qui inclut le mot quantitatif. Cela signifie que la quantité réelle de virus dans un échantillon n'est pas considérée comme importante, seule la présence d'une quantité de virus, même minime, est prise en compte. Cette préoccupation serait atténuée si les résultats réels des tests montrant les niveaux de virus détectés étaient disponibles.

Malheureusement, tout ce que le public voit, ce sont des nombres de déterminations positives ou négatives.

Les orientations de l'OMS et le test

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a initialement basé les tests sur un kit développé en Allemagne, et non sur le protocole chinois. Depuis, l'OMS a élaboré des orientations générales pour le dépistage du SRAS-COV-2.

Ces orientations exigent une certaine compréhension de la terminologie, il est donc utile de comprendre le virus et le principe du test.

Le RT-qPCR comporte plusieurs étapes. L'échantillon est d'abord lysé (c'est-à-dire que les cellules sont coupées) pour libérer tout matériel viral. Ensuite, l'ARN cible est converti en ADN complémentaire (ADNc) à l'aide d'une enzyme appelée transcriptase inverse. C'est ce qu'on appelle parfois l'étape d'"extraction".

Ensuite, l'ADNc est utilisé comme modèle pour l'amplification par RCPQ, ce qui permet de déterminer la quantité initiale d'ARN cible.

L'amplification n'est pas effectuée sur la totalité de la séquence d'ADNc mais sur des segments qui sont censés être représentatifs du génome spécifique d'intérêt et, par conséquent, non représentatifs d'autres matériels génétiques qui pourraient être présents.

Les segments du code génétique du SRAS-COV-2 qui sont généralement ciblés correspondent à des sections de l'ARN original appelées ORF1a, ORF1ab, S, M, E et N.

Des amorces synthétiques et des sondes fluorescentes sont identifiées pour correspondre aux segments génétiques ciblés afin de faciliter l'amplification et la détection. Les amorces sont de petites séquences de nucléotides qui se lient aux segments cibles de la séquence génétique de l'ADNc. Les amorces utilisées sont essentielles et les problèmes de conception des amorces peuvent entraîner des variations dans les résultats.

Comme décrit dans un article de The Scientist, les amorces recommandées par l'OMS ciblent d'abord le gène E du SRAS-COV-2. Le gène E est considéré comme très divergent et donc plus spécifique aux différents coronavirus. Si un laboratoire suivant les recommandations de l'OMS obtient un test de dépistage positif, il effectuera des tests de confirmation ciblant d'autres zones du génome du virus. Pour éviter les faux positifs, "chaque test positif a été confirmé par un séquençage du génome entier, une culture virale ou une microscopie électronique"

Le test étatsunien

Malheureusement, les États-Unis ont décidé de suivre leurs propres règles pour le test du SARS-COV-2. En fait, l'OMS et les CDC n'ont jamais discuté de la possibilité pour les États-Unis d'utiliser le même test que celui pratiqué au niveau international. Les enquêteurs de The Scientist ont constaté qu'il n'était "pas clair pourquoi le CDC a choisi de développer un test différent de celui choisi par l'OMS et repris par d'autres pays". Le CDC a refusé de répondre aux questions".

Le CDC a été critiqué pour sa décision et des problèmes ont ensuite été constatés avec ses kits de test. Bien que le CDC ait gardé le secret sur les détails, les préoccupations concernant son test semblent avoir porté à la fois sur des questions de conception du test et sur la contamination.

Le CDC a commencé à fabriquer son kit de test en janvier et l'a expédié le 5 février aux laboratoires d'État et à 30 autres pays, dont 191 laboratoires internationaux. Une semaine plus tard, lors d'une réunion d'information au CDC le 12 février, des problèmes avec le test ont été signalés. Bien que les déclarations faites ne soient pas claires, il est apparu que les États se plaignaient que le test était "non concluant" et que le CDC allait donc se concentrer sur "la reprise de la fabrication".

Il a été rapporté que "le CDC a ajouté à la confusion en fournissant des informations limitées aux laboratoires dans les semaines qui ont suivi. Après le rappel des tests, il y a eu une période de silence presque total. C'était environ deux semaines". Ce n'est qu'après une lettre ouverte au Congrès le 28 février, émanant de plus de 100 virologistes et autres spécialistes, que le CDC a répondu en autorisant des laboratoires indépendants qui avaient validé leurs propres tests à commencer les essais.

Le test du CDC comprenait à l'origine trois amorces, toutes ciblant un gène - le gène N du SRAS-COV-2 qui code pour la nucléocapside. Les amorces étaient désignées par les lettres N1, N2 et N3. Les nucléocapsides des virus à ARN "sont des structures assez simples qui ne contiennent qu'une seule protéine structurelle majeure... Cette protéine est généralement basique ou possède un domaine basique".

Bien que le test du CDC ait pu offrir une bonne sensibilité, il semble qu'il n'ait pas fourni une spécificité élevée car il ne visait qu'un seul gène de base du coronavirus. Le CDC a admis l'absence de certitude dans une clause de non-responsabilité mentionnée dans la méthode, déclarant que des résultats positifs "n'excluent pas une infection bactérienne ou une co-infection avec d'autres virus. L'agent détecté peut ne pas être la cause certaine de la maladie".

Au début, en raison du secret du CDC, les problèmes liés au kit de test étaient difficiles à comprendre. Comme l'a rapporté le Washington Post, "le problème avec le test du CDC est apparu parce que la troisième tentative de comparaison, connue sous le nom de composant N3, a produit un résultat non concluant même sur des échantillons connus du coronavirus".

Mais ce n'était pas là toute l'histoire.

Le 28 février, alors que la lettre ouverte au Congrès était en cours de reconnaissance, il a été rapporté que l'amorce N3 du kit CDC était contaminée. La contamination a fait réagir le témoin négatif du kit, contenant de l'ADN sans lien avec le SRAS-COV-2, comme s'il s'agissait d'un résultat positif pour le SRAS-COV-2. En d'autres termes, les kits généraient de faux positifs pour les contrôles négatifs.

L'ampleur de la contamination n'était pas claire car, là encore, les résultats réels des tests donnant les quantités de virus trouvées ne sont pas disponibles au public. Et le CDC n'a pas été ouvert à la communication sur les problèmes constatés. Curieusement, en avril, des kits de test au Royaume-Uni ont également été trouvés "contaminés par le COVID-19".

Qu'a fait le CDC pour corriger les problèmes liés au kit ? Au lieu de refabriquer l'amorce N3 comme prévu initialement, le 15 mars, le CDC a simplement dit à tous ceux qui avaient le kit de retirer l'amorce N3 et d'utiliser les kits sans elle. En outre, le CDC a modifié ses exigences en matière de méthode afin d'éliminer la nécessité de confirmer les résultats positifs.

Cela a rendu le kit de test basé sur la détection d'un seul gène de base dans le SARS-COV-2 encore moins spécifique et a indiqué aux utilisateurs que les résultats n'avaient pas besoin d'être confirmés. Ces modifications ont rendu le test moins fiable en termes d'identification du SARS-COV-2 et ont donc rendu toute estimation ultérieure des taux de mortalité moins fiable également.

Résumé
 

L'histoire du dépistage de l'infection par le SRAS-COV-2 a connu des problèmes qui ont entraîné des retards dans le dépistage et la notification des taux d'infection qui sont faussement plus élevés que la réalité. Ces problèmes sont encore aggravés par le fait que le gouvernement a obligé les professionnels de la santé à inscrire la COVID-19 comme cause de décès pour les patients dont les causes de décès ne sont pas concluantes et qui, dans certains cas, n'ont jamais été testés pour le SRAS-COV-2.

La compréhension des problèmes liés au test effectué pour l'identification des patients infectés peut apporter la clarté nécessaire et réduire la panique. De nombreuses questions restent sans réponse. Par exemple : Les taux déclarés pour d'autres maladies comme la grippe baissent-ils proportionnellement à l'augmentation des infections déclarées par le SRAS-COV-2 ? Quels étaient les détails de l'étude chinoise qui a été mystérieusement rétractée ? Qu'a révélé l'enquête sur la contamination du kit du CDC ? Quels autres pays ont basé leurs chiffres de mortalité sur des kits de test qui ont donné des résultats peu fiables ?

Les citoyens peuvent aider en demandant aux autorités et aux installations de test de partager publiquement les détails des tests, y compris les résultats réels des tests RT-qPCR indiquant les niveaux de virus présents.

Outre le partage des informations, une enquête internationale sur les problèmes constatés lors des tests, en commençant par les résultats chinois et les kits de test étatsuniens, devrait être menée. Une telle enquête pourrait permettre d'éviter la déclaration de faux positifs et la panique et la mauvaise prise de décision qui s'ensuivent, dues à des taux de mortalité estimés artificiellement élevés.

Traduction SLT

Contact : samlatouch@protonmail.com

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