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Selon un épidémiologiste finlandais, le taux de mortalité par infection du variant Omicron est de 0,04 %, soit environ la moitié de celui de la grippe saisonnière (Daily Sceptic)

par Mikko Paunio 13 Janvier 2022, 17:33 Omicron Taux de mortalité Coronavirus Finlande Epidémiologie Allégations Articles de Sam La Touch

Épidémiologiste finlandais : L'IFR du variant Omicron est de 0,04 %, soit environ la moitié de celui de la grippe saisonnière
Article originel : Finnish Epidemiologist: The IFR of the Omicron Variant is 0.04%, About Half That of Seasonal Flu
Par Mikko Paunio
Daily Sceptic, 13.01.22

Le rapport du gouvernement danois publié le 3 janvier 2022 indique :

    Jusqu'au dimanche 19 décembre 2021, presque tous les échantillons positifs de SRAS-CoV-2 ont été testés avec des tests PCR variants pour identifier les cas Omicron. Depuis le lundi 20 décembre 2021, seul un échantillon représentatif des échantillons positifs de SRAS-CoV-2 est testé avec le test PCR variangt au TCDK. Par conséquent, le nombre de cas Omicron identifiés ne représente pas le nombre total de cas Omicron au Danemark. Dans les départements de microbiologie clinique, les échantillons PCR proviennent de patients hospitalisés qui sont prioritaires pour être testés par PCR variant.
 

Le rapport donne une estimation très prudente du nombre cumulé de cas omicrons au 2 janvier, qui est de 55 673, car les autorités danoises ont cessé de séquencer tous les cas positifs de la COVID-19 le 20 décembre. Depuis lors, comme indiqué ci-dessus, seul un échantillon aléatoire quotidien a été séquencé pour voir la proportion de cas Omicron dans la population. Lorsque j'utilise cette proportion quotidienne à partir du 20 décembre, que je la multiplie par le nombre quotidien de résultats positifs au test de dépistage du SRAS-CoV-2 et que je soustrais le nombre de cas Omicron établis quotidiennement, je peux obtenir une estimation fiable du nombre réel de cas Omicron cumulés le 2 janvier, qui est de 143 237. Du 29 décembre au 2 janvier, j'ai supposé que 90 % des diagnostics COVID-19 étaient le variant Omicron.

La durée médiane entre le diagnostic de la COVID-19 et l'hospitalisation et le décès est d'environ six et 13 jours respectivement. Jusqu'au 19 décembre, tous les diagnostics COVID-19 PCR ont été séquencés et le nombre cumulé de cas Omicron peut être additionné depuis le 21 novembre. Le 20 décembre, le nombre de cas Omicron peut être calculé en multipliant le nombre total de cas COVID-19 par la proportion de cas Omicron dans l'échantillon représentatif. Le 20 décembre, c'est-à-dire 13 jours avant le 2 janvier, le nombre cumulé de cas Omicron était de 43 200. Comme la médiane signifie que 50 % des décès se sont accumulés avant le 2 janvier parmi les 43 200, je suppose en outre que dans cette cohorte fixe de 43 200, 18 autres mourront après le 2 janvier.

Je peux donc calculer une estimation du taux de létalité du variant Omicron (CFR) dans cette cohorte fixe, qui est de 36/43 200 = 0,08 %, ce qui correspond à peu près au taux de mortalité de la grippe saisonnière. Si je suppose en outre que seule la moitié des véritables infections à COVID-19 sont diagnostiquées, ce qui est une hypothèse raisonnable pour de nombreuses raisons, j'obtiens un taux de létalité de l'infection Omicron (IFR) de 0,04 %, ce qui indique une létalité très faible. Mes calculs sont conservateurs.
 

Depuis le 2 janvier jusqu'au 11 janvier, il y a eu 140 270 infections supplémentaires, en supposant, de manière prudente, que 90 % des nouveaux cas sont des variants d'Omicron. Moins de personnes sont classées dans la catégorie des cas graves, dont 44 (trois de moins que le 2 janvier) étaient sous respirateur à ce jour. Le nombre attendu de décès supplémentaires parmi les 289 507 cas Omicron accumulés d'ici le 11 janvier est de 214. Il est intéressant de noter que moins de cinq des patients des soins intensifs, soit un sur vingt au Danemark le 2 janvier, étaient des patients Omicron.

Il est possible que mes estimations du CFR et de l'IFR soient affectées par le fait que les cas Omicron ont été particulièrement répandus chez les jeunes. Cependant, un article danois récent indique que les patients ayant reçu la troisième dose, c'est-à-dire les personnes trois fois vaccinées, préviennent efficacement la transmission secondaire d'Omicron. Au Danemark, les groupes d'âge plus élevés sont bien protégés par les rappels, qui les protègent également contre les maladies graves. Ainsi, la faible mortalité observée due à Omicron au Danemark est attribuable à la pathogénicité très probablement plus faible du variant Omicron lui-même et aux effets favorables de la vaccination de masse.

Nous obtiendrons très bientôt une estimation finale précise du CFR au Danemark, lorsque le statut Omicron sera connu pour tous les patients hospitalisés. D'ores et déjà, nous pouvons déduire avec une grande confiance que le variant Omicron est au moins 16 fois moins létal dans une population hautement vaccinée que le variant du SRAS-COV-2 qui a circulé au printemps 2020 en Europe et dans le monde.
 

La question la plus importante liée à la propagation très rapide d'Omicron est celle de son impact à court terme sur la population active. En Afrique du Sud, la vague Omicron a atteint un pic rapide et a duré environ deux mois.

Mikko Paunio est professeur adjoint en épidémiologie au département de santé publique de l'université d'Helsinki et conseiller auprès du gouvernement finlandais.

Stop Press : Le gouvernement danois vient d'annoncer l'assouplissement des restrictions à la fin de cette semaine, après avoir conclu qu'Omicron est beaucoup plus doux que les variants précédents.

Traduction SLT avec DeepL.com

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