Proposition d'un modèle rendant compte de l'origine du SRAS-CoV-2 et de la pandémie du COVID-19
Article originel : A Proposed Origin for SARS-CoV-2 and the COVID-19 Pandemic
Par Jonathan Latham, PhD and Allison Wilson, PhD
The Independent Science News
Note de SLT : Deux chercheurs scientifiques étatsuniens, généticien et virologue, Latham et Wilson, titulaires d'une thèse de sciences, PhD, reviennent dans ce deuxième article sur l'hypothèse d'une origine artificielle du SRAS Cov-2 liée à une fuite accidentelle survenue dans l'institut virologique de Wuhan en 2019. Le premier article paru dans la même revue s'intitulait : "L'hypothèse d'une origine artificielle du COVID-19 s'étoffe". Dans leur nouvel article, les auteurs estiment que le SRAS Cov-2 descendrait d'un virus assez proche qui aurait infecté des mineurs lors de leur exploration de la grotte de Mojiang au printemps 2012 qui était infestée de chauve-souris et d'excréments de chauve-souris. Trois de ces mineurs seraient décédés et tous auraient présenté des signes d'infection pulmonaires voisines des formes graves d'infection à Coronavirus. Cela a été recensé dans un mémoire de master que les auteurs de l'article ont fait traduire en anglais. Les auteurs émettent l'hypothèse que le virus aurait muté et se serait transformé et adapté par recombinaison dans le tissu pulmonaire des mineurs infectés de la grotte de Moijiang pour former un virus adapté à l'homme proche du SRAS-Cov-2. Celui-ci aurait été envoyé, conservé et mis en culture dans le laboratoire de Wuhan. Cela reste une hypothèse avec de nombreuses spéculations qui demandent à être éclaircies. Notamment comment le virus de chauve-souris a-t-il pu muter de manière similaire chez les 6 mineurs. Les auteurs spéculent qu'il y aurait eu des co-infections réciproques. Se pose aussi la question de savoir si il y a eu une épidémie en 2012 dans l'endroit où les mineurs ont été hospitalisés. Les auteurs demandent une enquête sur le laboratoire de Wuhan (passage souligné par nos soins dans le texte). A suivre...
Dans toutes les discussions sur l'origine de la pandémie de COVID-19, une attention scientifique énorme a été accordée au caractère moléculaire du virus SRAS-CoV-2, y compris sa nouvelle séquence de génome par rapport à ses proches parents. En revanche, la provenance physique de ces proches parents génétiques, ses ancêtres présumés, qui sont deux séquences virales appelées BtCoV/4991 et RaTG13, n'a pratiquement pas été prise en compte.
Cette négligence est surprenante car leur provenance est plus qu'intéressante. Le BtCoV/4991 et le RaTG13 ont été prélevés dans un puits d'une mine de la province du Yunnan, en Chine, en 2012/2013 par des chercheurs du laboratoire de Zheng-li Shi de l'Institut de virologie de Wuhan (IVW). Très peu de temps auparavant, au printemps 2012, six mineurs travaillant dans la mine avaient contracté une mystérieuse maladie et trois d'entre eux étaient décédés (Wu et al., 2014). Les particularités de cette mystérieuse maladie ont été pratiquement oubliées ; elles sont cependant décrites dans un mémoire de maîtrise (master) chinois rédigé en 2013 par un médecin qui a supervisé leur traitement.
Nous nous sommes arrangés pour faire traduire ce mémoire de maîtrise (master) en anglais. Les preuves qu'il contient nous ont amenés à reconsidérer tout ce que nous pensions savoir sur les origines de la pandémie de COVID-19. Elles nous ont également amenés à théoriser une voie plausible par laquelle une épidémie apparemment isolée dans une mine en 2012 a conduit à une pandémie mondiale en 2019.
L'origine du SRAS-CoV-2 que nous proposons ci-dessous est basée sur les cas de ces mineurs et leur traitement hospitalier. Cette théorie simple explique toutes les caractéristiques clés du nouveau virus du SRAS-CoV-2, y compris celles qui ont intrigué les virologistes depuis le début de l'épidémie.
La théorie peut expliquer l'origine du site de clivage de la furine polybasique, qui est une région de la protéine du pic viral qui la rend susceptible d'être clivée par l'enzyme hôte, la furine, et qui favorise grandement la propagation du virus dans le corps. Ce site de la furine est nouveau pour le CoV-2 du SRAS par rapport à ses proches parents (Coutard, et al., 2020). Cette théorie explique également l'affinité exceptionnelle de la protéine de pointe du virus pour les récepteurs humains, ce qui a également surpris les virologistes (Letko et al., 2020; Piplani et al, 2020; Wrapp et al., 2020; Walls et al., 2020. La théorie explique en outre pourquoi le virus a à peine évolué depuis le début de la pandémie, ce qui est également un aspect profondément déroutant d'un virus supposé nouveau pour l'homme (Zhan et al., 2020; van Dorp et al., 2020; Chaw et al., 2020). Enfin, la théorie explique clairement pourquoi le SRAS-CoV-2 cible les poumons, ce qui est inhabituel pour un coronavirus (Huang et al., 2020).
Nous ne proposons pas d'origine spécifiquement génétique ou de guerre biologique pour le virus, mais la théorie propose un rôle causal essentiel dans la pandémie pour la recherche scientifique menée par le laboratoire de Zheng-li Shi à l'IVW ; expliquant ainsi également Wuhan comme emplacement de l'épicentre.
Pourquoi la provenance du RaTG13 et du BtCoV/4991 a-t-elle été ignorée ?
L'origine apparente de la pandémie de COVID-19 est la ville de Wuhan dans la province de Hubei, en Chine. Wuhan abrite également le premier centre de recherche mondial sur les coronavirus des chauves-souris. Il y a deux laboratoires de virologie dans la ville, qui ont tous deux collecté des coronavirus de chauves-souris ou effectué des recherches sur ceux-ci dans un passé récent. Le laboratoire de Shi, qui a collecté le BtCoV/4991 et le RaTG13, a récemment reçu des subventions pour évaluer par expérience le potentiel de pathogénicité pandémique des nouveaux coronavirus de chauves-souris qu'ils ont collectés dans la nature.
Pour ajouter à ces points de données suggestifs, il y a une longue histoire d'accidents, d'épidémies et même de pandémies résultant d'accidents de laboratoire avec des virus (Furmanski, 2014; Weiss et al., 2015). Pour ces raisons et d'autres encore, résumées dans notre article The Case is Building that COVID-19 Had a Lab Origin, (Traduction en français ici) nous (un virologue et un généticien) et d'autres ont conclu qu'une épidémie issu d'un laboratoire est une thèse crédible. Il est certain qu'une origine de laboratoire a au moins autant de preuves circonstancielles à l'appui que toute théorie d'origine zoonotique naturelle (Piplani et al., 2020; Segreto and Deigin, 2020; Zhan et al., 2020).
Les médias, normalement si épris de controverse, ont largement refusé de débattre même de la possibilité d'une évasion d'un laboratoire. De nombreux sites d'information l'ont simplement qualifiée de théorie de la conspiration.
La principale raison du rejet par les médias de la possibilité d'une évasion du laboratoire du virus est un article de synthèse paru dans Nature Medicine (Andersen et al., 2020). Bien qu'au 29 juin 2020, cet article comptait près de 700 citations, elle présente également des lacunes scientifiques majeures. Ces défauts méritent d'être compris en eux-mêmes, mais ils constituent également un contexte utile pour comprendre les implications de la thèse de maîtrise (master).
Andersen et al, une critique
La question de l'origine de la pandémie COVID-19 est, dans ses grandes lignes, simple. Il y a deux faits incontestables. Premièrement, la maladie est causée par un agent pathogène viral humain, le SRAS-CoV-2, identifié pour la première fois à Wuhan en décembre 2019 et dont la séquence du génome de l'ARN est connue. Deuxièmement, tous ses proches parents connus dérivent de virus de chauves-souris. Sans aucun doute, le SRAS-CoV-2 a évolué à partir d'un virus de chauve-souris ancestral. La tâche que se sont fixée les auteurs de Nature Medicine était d'établir les mérites relatifs de chacune des différentes voies possibles (en laboratoire ou naturelle) par lesquelles un coronavirus de chauve-souris aurait pu se propager à l'homme et, dans le même processus, avoir acquis un site de furine inhabituel et une protéine de pointe ayant une très grande affinité pour le récepteur ACE2 humain.
Lorsqu'Andersen et al. décrivent une voie zoonotique naturelle, ils spéculent longuement sur la manière dont le saut a pu se produire. Ils élaborent en particulier sur une proposition de résidence chez des animaux intermédiaires, probablement des pangolins. Par exemple, "La présence chez les pangolins d'un RBD [Receptor Binding Domain] très similaire à celui du SRAS-CoV-2 signifie que nous pouvons en déduire qu'il était probablement présent dans le virus qui s'est propagé aux humains. Il reste donc l'insertion d'un site de clivage polybasique qui se produit lors de la transmission interhumaine". Cette évolution virale s'est produite chez les "pangolins malaisiens importés illégalement dans la province de Guangdong". Même avec ces spéculations, cette théorie présente des lacunes importantes. Par exemple, pourquoi le virus est-il si bien adapté à l'homme ? Et pourquoi Wuhan, qui se trouve à 1 000 km de Guangdong ? (Voir la carte).

Les auteurs ne fournissent pas de telles spéculations en faveur de la thèse de l'accident de laboratoire, mais seulement des spéculations contre celle-ci :
"Enfin, la génération des glycanes liés à l'O prévue est également peu probable en raison du passage (/transmission)* en culture cellulaire, car de telles caractéristiques suggèrent l'implication d'un système immunitaire". (italique ajouté).
*["Le passage/transmission est le placement délibéré de virus vivants dans des cellules ou organismes auxquels ils ne sont PAS adaptés dans le but de les rendre adaptés, c'est-à-dire d'accélérer leur évolution].
Il convient également de noter que les auteurs de l'article d'Andersen ont fixé un obstacle plus important pour la thèse de laboratoire que pour la thèse sur les zoonoses. Selon eux, la thèse de laboratoire doit expliquer toute l'évolution du SRAS-CoV-2 à partir de son ancêtre présumé, le virus de la chauve-souris, alors que la thèse zoonotique laisse l'étape clé de l'ajout du site de la furine se produire chez l'homme et est donc effectivement inexpliquée.
Un autre déséquilibre est que des informations clés nécessaires pour juger du bien-fondé de la théorie de l'origine en laboratoire sont absentes de leur récit. Comme nous l'avons détaillé dans notre article précédent, dans leur recherche de virus de type SRAS ayant un potentiel de propagation zoonotique, les chercheurs de l'IVW ont passer/transmis des virus de chauve-souris vivants dans des cellules de singe et d'homme (Wang et al., 2019). Ils ont également réalisé de nombreuses expériences de recombinaison avec divers coronavirus de chauve-souris (Ge et al., 2013; Menachery et al., 2015; Hu et al., 2017) . Ces expériences ont suscité des inquiétudes au niveau international quant à la création possible de virus pandémiques potentiels (Lipsitch, 2018). Comme nous l'avons également montré, le laboratoire de Shi avait également obtenu une subvention pour étendre ces travaux à des animaux vivants. Ils ont prévu des "expériences d'infection virale sur une série de cultures cellulaires de différentes espèces et de souris humanisées" avec des coronavirus recombinants de chauve-souris. Pourtant, Andersen et al n'ont pas du tout discuté de cette recherche, si ce n'est pour dire :
"La recherche fondamentale impliquant le passage de coronavirus de chauve-souris de type SRAS-CoV dans des cultures cellulaires et/ou des modèles animaux est en cours depuis de nombreuses années dans des laboratoires de niveau de biosécurité 2 à travers le monde".
Cette déclaration est fondamentalement trompeuse quant au type de recherches effectuées dans le laboratoire de Shi.
Un autre oubli important des auteurs d'Andersen concerne l'historique des épidémies d'agents pathogènes viraux en laboratoire. Ils écrivent : "il existe des cas documentés d'évasions de laboratoire du SRAS-CoV". Il s'agit d'une allusion assez directe au fait que depuis 2003, six cas de SRAS ont été documentés dans des laboratoires, pas tous en Chine, certains ayant entraîné des décès (Furmanski, 2014).
Andersen et al auraient également pu noter que deux grandes pandémies humaines sont largement reconnues comme ayant été causées par des épidémies de pathogènes viraux en laboratoire, la grippe H1N1 en 1977 et l'encéphalite équine vénézuélienne (résumé dans Furmanski, 2014). Andersen aurait même pu noter que des centaines d'accidents de laboratoire avec des virus ont littéralement entraîné des quasi-accidents ou des épidémies très localisées ( résumé par Lynn Klotz et Sam Husseini et aussi Weiss et al., 2015).
Il n'a pas non plus mentionné les cas où l'apparition en laboratoire d'un virus expérimental ou fabriqué a été théorisée de manière plausible mais n'a pas fait l'objet d'une enquête. Par exemple, l'explication la plus cohérente de la pandémie de grippe porcine H1N1 de 2009-2010, qui a fait quelque 200 000 morts ( (Duggal et al., 2016; Simonsen et al. 2013), est qu'un vaccin a été incorrectement inactivé par son fabricant (Gibbs et al., 2009). Si c'est le cas, le H1N1 est sorti d'un laboratoire non pas une fois mais deux fois.
Étant donné que les épidémies virales chez l'homme et le bétail proviennent souvent de laboratoires et que de nombreux scientifiques ont mis en garde contre de probables évasions de laboratoire (Lipsitch et Galvani, 2014), et que l'IVW lui-même a un bilan de biosécurité douteux, le document d'Andersen ne constitue pas un traitement impartial des origines possibles du virus COVID-19.
Pourtant, son texte exprime des opinions bien arrêtées : "Nos analyses montrent clairement que le SRAS-CoV-2 n'est pas une construction de laboratoire ou un virus manipulé à dessein... Il est improbable que le SRAS-CoV-2 ait émergé par la manipulation en laboratoire d'un coronavirus apparenté au SRAS-CoV... les données génétiques montrent irréfutablement que le CoV-2 du SRAS ne provient d'aucune structure de base utilisée auparavant....les preuves montrent que le CoV-2 du SRAS n'est pas un virus manipulé intentionnellement....nous ne pensons pas qu'un scénario de laboratoire soit possible". (Andersen et al., 2020).
Il est difficile de ne pas conclure que ce que leur article montre surtout, c'est que les docteurs Andersen, Rambaut, Lipkin, Holmes et Garry préfèrent de loin la thèse du transfert zoonotique naturel. Leur rhétorique est franche mais les preuves ne soutiennent pas cette confiance.
En effet, depuis la publication d'Andersen et al. de nouvelles preuves importantes sont apparues qui remettent en cause leur théorie de l'origine zoonotique. Le 26 mai, le CDC chinois a exclu le marché "humide" de Huanan à Wuhan comme source de l'épidémie. En outre, de nouvelles recherches sur les pangolins, l'hôte mammifère intermédiaire favori, suggèrent qu'ils ne sont pas un réservoir naturel de coronavirus (Lee et al., 2020; Chan and Zhan, 2020). En outre, il a été constaté que le CoV-2 du SRAS ne se répliquait pas dans les cellules des reins ou des poumons des chauves-souris (Rhinolophus sinicus), ce qui implique que le CoV-2 du SRAS n'est pas un déversement récemment adapté (Chu et al., 2020).
La mine de Mojiang et la thèse de Master
Dans notre propre recherche pour résoudre la question de l'origine du COVID-19, nous avons choisi de nous concentrer sur la provenance des séquences du génome du coronavirus BtCoV/4991 et RaTG13, car ce sont les séquences les plus étroitement liées au SARS-CoV-2 (respectivement 98,7% et 96,2% identiques). Voir FIG 1. (reproduit de P. Zhou et al., 2020).

Similitude du CoV-2 du SRAS avec le RaTG13 (ligne bleue) et d'autres coronavirus (rouge, vert, rose) (Image de Zhou et al., 2020). Plus la ligne est haute, plus le virus est similaire.
Pour comparer, le virus le plus proche du CoV-2 du SRAS est le RmYN02 (non représenté sur la figure 1.) (H. Zhou et al., 2020). Le RmYN02 présente une similarité globale de 93,2 % avec le CoV-2 du SRAS, ce qui fait que sa distance évolutive par rapport au CoV-2 du SRAS est presque deux fois plus grande.
Le BtCoV/4991 a été décrit pour la première fois en 2016. Il s'agit d'un fragment de virus de 370 nucléotides prélevé dans la mine de Mojiang en 2013 par le laboratoire de Zeng-li Shi au WIV (Ge et al., 2016). Le BtCoV/4991 est identique à 100% à un segment du RaTG13. Le RaTG13 est une séquence complète du génome viral (près de 30 000 nucléotides) qui n'a été publiée qu'en 2020, après le début de la pandémie (P. Zhou et al., 2020).
Malgré la confusion créée par leurs différents noms, dans une lettre obtenue par nous, Zheng-li Shi a confirmé à une base de données de virologie que le BtCoV/4991 et le RaTG13 proviennent tous deux du même échantillon fécal de chauve-souris et de la même mine. Il s'agit donc de séquences du même virus. Dans la discussion ci-dessous, nous nous référerons principalement au RaTG13 et ne spécifierons le BtCoV/4991 que si nécessaire.
Ces précisions sont importantes car ce sont ces échantillons et leur provenance qui, selon nous, sont en fin de compte essentiels pour élucider le mystère des origines du COVID-19.
L'histoire commence en avril 2012, lorsque six travailleurs de cette même mine de Mojiang sont tombés malades à la suite d'une mystérieuse maladie alors qu'ils prélevaient des fèces de chauve-souris. Trois des six sont morts par la suite.
Dans une interview accordée en mars 2020 au Scientific American Zeng-li Shi, a rejeté l'importance de ces décès, affirmant que les mineurs étaient morts d'infections fongiques. En effet, aucun mineur ou décès n'est mentionné dans l'article publié par le laboratoire de Shi documentant la collection de RaTG13 (Ge et al., 2016).
Mais l'évaluation de Shi ne correspond à aucun autre récit contemporain des mineurs et de leur maladie (Rahalkar et Bahulikar, 2020). Comme ces auteurs l'ont souligné, le magazine Science a qualifié une partie de l'incident de 2014 de "nouveau virus meurtrier en Chine". Science citait une autre équipe de virologues qui avait trouvé un paramyxovirus chez des rats de la mine. Ces virologues ont déclaré à Science qu'ils n'avaient trouvé "aucune relation directe entre l'infection humaine" et leur virus. Cette expédition a ensuite été publiée comme la découverte d'un nouveau virus appelé MojV d'après Mojiang, la localité de la mine (Wu et al., 2014).
Cet épisode suggère cependant que ces chercheurs cherchaient un virus potentiellement mortel et non un champignon mortel. Canping Huang, l'auteur d'une thèse de doctorat réalisée sous la direction de George Gao, le directeur du CDC chinois, cherchait également un virus dans la mine de Mojiang à peu près au même moment.
Tout cela amène à se demander pourquoi le laboratoire de Shi, qui ne s'intéresse pas aux champignons mais plutôt aux coronavirus des chauves-souris de type SRAS, a également recherché des virus de chauves-souris dans la mine de Mojiang à quatre reprises entre août 2012 et juillet 2013, alors que la mine se trouve à 1 000 km de Wuhan (Ge et al., 2016). Ces voyages de collecte ont commencé alors que certains des mineurs étaient encore hospitalisés.
Heureusement, il existe un compte rendu détaillé des diagnostics et des traitements des mineurs. On le trouve dans un mémoire de Master rédigé en chinois en mai 2013. Son titre anglais suggestif est "The Analysis of 6 Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown viruses" ("L'analyse de 6 patients atteints de pneumonie grave causée par des virus inconnus".).
La version originale anglaise du résumé implique un coronavirus de type SRAS comme agent causal probable et que la mine "avait beaucoup de chauves-souris et d'excréments de chauves-souris".
Les conclusions de la thèse de Master
Pour en savoir plus, notamment sur le caractère raisonnable de ce diagnostic, nous avons fait traduire l'ensemble du mémoire de maîtrise en anglais et nous mettons ici la traduction à disposition. Pour le lire dans son intégralité, voir le document joint (ou le télécharger ici).
Les six mineurs malades ont été admis dans le n°1. School of Clinical Medicine, Kunming Medical University, successivement fin avril et début mai 2012. Kunming est la capitale de la province du Yunnan et se trouve à 250 km de Mojiang.
Parmi les descriptions des mineurs et de leurs traitements, qui comprennent des radiographies et de nombreux scanners, plusieurs caractéristiques ressortent :
1) Dès leur admission à l'hôpital, leurs médecins ont informé le "bureau médical" d'une éventuelle "explosion de la maladie", c'est-à-dire d'une éventuelle épidémie. Ainsi, les mineurs ont été traités pour des infections et non comme s'ils avaient inhalé des gaz nocifs ou d'autres toxines.
2) Les symptômes (à l'admission) des six mineurs étaient les suivants : a) toux sèche, b) crachats, c) forte fièvre, surtout peu avant la mort d) difficulté à respirer, e) myalgie (membres douloureux). Certains patients souffraient de hoquet et de maux de tête. (Voir tableau 1).

Les syndromes des six patients de la mine de Mojiang
3) Des travaux cliniques ont établi que les patients 1 à 4 présentaient un faible taux d'oxygène dans le sang "c'est certain que c'est le SDRA" (syndrome de détresse respiratoire aiguë) et des lésions immunitaires considérées comme indicatives d'une infection virale. En outre, une tendance à la thrombose a été notée chez les patients 2 et 4. La gravité des symptômes et la mortalité étaient liées à l'âge (bien que sur un échantillon de 6, cela doit être considéré comme anecdotique).
4) Les causes potentielles communes et rares de leurs symptômes ont été recherchées et pour la plupart éliminées. Pour les patients 3 et 4, il s'agissait de tests de dépistage du VIH, du cytomégalovirus, du virus Epstein-Barr (EBV), de l'encéphalite japonaise, de la fièvre hémorragique, de la dengue, de l'hépatite B, du SRAS et de la grippe. Parmi ceux-ci, seul le patient 2 a été testé positif pour l'hépatite et le virus Epstein-Barr.
5) Le traitement des six patients comprenait la ventilation (patients 2-4), les corticostéroïdes (tous les patients), les antiviraux (tous sauf le patient 5) et les anticoagulants (patients 2 et 4). Des antibiotiques et des médicaments antifongiques ont été administrés pour contrer ce qui était considéré comme des co-infections secondaires (mais significatives).
6) Un petit nombre de réunions à distance ont été organisées avec des chercheurs d'autres universités. L'une d'entre elles a eu lieu avec Zhong Nanshan à l'université Sun Yat-Sen de Guangdong. Zhong est le héros chinois de l'épidémie de SRAS, un virologiste et sans doute le scientifique le plus célèbre de Chine.
7) Des échantillons provenant des mineurs ont ensuite été envoyés à l'Institut de Virologie de Wuhan (IVW) à Wuhan et à Zhong Nanshan, confirmant encore une fois que la maladie virale était fortement suspectée. Certains mineurs ont été testés positifs pour le coronavirus (la thèse n'est pas claire sur le nombre).
8) Il a été conclu que la source de l'infection était Rhinolophus sinicus, une chauve-souris en fer à cheval, et la conclusion finale de la thèse est la suivante : "le virus inconnu pourrait conduire à une pneumonie grave : le CoV analogue au SRAS de la chauve-souris chinoise en fer à cheval rousse". Les mineurs avaient donc un coronavirus, mais ce n'était apparemment pas le SRAS lui-même.
L'importance de la thèse de master
Ces conclusions de la thèse sont significatives à plusieurs égards.
Premièrement, à la lumière de la pandémie actuelle de coronavirus, il est évident que les symptômes des mineurs ressemblent très étroitement à ceux du COVID-19 ( (Huang et al, 2020; Tay et al., 2020; M. Zhou et al., 2020). Toute personne se présentant avec ces symptômes aujourd'hui serait immédiatement considérée comme ayant le COVID-19. De même, de nombreux traitements administrés aux mineurs sont devenus la norme pour le COVID-19 (Tay et al., 2020).
Deuxièmement, la rencontre à distance avec Zhong Nanshan est significative. Elle implique que les maladies des six mineurs étaient très préoccupantes et, deuxièmement, qu'un coronavirus de type SRAS était considéré comme une cause probable.
Troisièmement, le résumé, les conclusions et les inférences générales à tirer de la thèse de master contredisent l'affirmation de Zheng-li Shi selon laquelle les mineurs sont morts d'une infection fongique. L'infection fongique comme cause primaire potentielle a été évoquée mais largement écartée.
Quatrièmement, si un coronavirus de type SRAS était à l'origine de leur maladie, cela impliquerait qu'il pourrait infecter directement les cellules humaines. Ce serait inhabituel pour un coronavirus de chauve-souris (Ge et al., 2013). Les gens tombent parfois malades à cause des excréments de chauve-souris, mais l'explication standard est l'histoplasmose, une infection fongique et non un virus (McKinsey and McKinsey, 2011; Pan et al., 2013).
Cinquièmement, l'échantillonnage effectué par le laboratoire de Shi a révélé que les coronavirus de chauves-souris étaient inhabituellement abondants dans la mine (Ge at al., 2016). Parmi leurs conclusions figuraient deux bêtacoronavirus, dont le RaTG13 (alors connu sous le nom de BtCoV/4991). Dans le monde des coronavirus, les bêtacoronavirus ont la particularité d'être à la fois le SRAS et le MERS, le plus mortel de tous les coronavirus. Ils sont donc considérés comme ayant un potentiel pandémique particulier, comme le laisse entendre la dernière phrase de la publication de Shi lab qui a trouvé le RaTG13 : "une attention particulière devrait être accordée à ces lignées de coronavirus" (Ge at al., 2016). En fait, le Shi lab et d'autres laboratoires ont prédit pendant des années que les bêtacoronavirus des chauves-souris comme le RaTG13 allaient devenir pandémiques ; ainsi, trouver le RaTG13 là où les mineurs sont tombés malades était un scénario en parfaite adéquation avec leurs attentes.
Les mineurs (infectés) de Mojiang comme mode de passage/transmission
Comment la thèse de master contribue-t-elle à la recherche d'une origine plausible de la pandémie ?
Dans notre article précédent, nous avons brièvement examiné comment la pandémie a pu être causée soit par un accident de collecte de virus, soit par le passage d'un virus, soit par le génie génétique et une fuite ultérieure du laboratoire. La possibilité du génie génétique mérite l'attention et fait l'objet d'une évaluation approfondie dans un important avant-propos (Segreto et Deigin, 2020).
Nous n'excluons pas définitivement ces possibilités. Il semble en effet que le laboratoire de Shi de l'IVW n'ait pas oublié le RaTG13, mais qu'il procède au séquençage de son génome en 2017 et 2018. Cependant, nous pensons que la thèse de maîtrise indique une explication beaucoup plus simple.
Nous suggérons, tout d'abord, qu'à l'intérieur des mines, le RaTG13 (ou un virus très similaire) a évolué en SARS-CoV-2, un coronavirus exceptionnellement pathogène et hautement adapté à l'homme. Deuxièmement, que le laboratoire de Shi a utilisé pour ses recherches des échantillons médicaux prélevés sur les mineurs et envoyés par l'hôpital universitaire de Kunming. C'est ce virus adapté à l'homme, aujourd'hui connu sous le nom de SRAS-CoV-2, qui s'est échappé de l'IVW en 2019.
Nous appelons cette hypothèse d'origine du COVID-19 l'hypothèse des mines de Mojiang (PMM) comme mode de passage/transmission.
Le passage/transmission est une technique virologique standard pour adapter les virus à de nouvelles espèces, tissus ou types de cellules. Il se fait normalement en infectant délibérément une nouvelle espèce d'hôte ou un nouveau type de cellule hôte avec une forte dose de virus. Cette infection virale initiale disparaît généralement parce que le système immunitaire de l'hôte vainc le virus mal adapté. Mais, lors du passage/transmission, avant qu'il ne s'éteigne, un échantillon est extrait et transféré dans un nouveau tissu identique, où l'infection virale recommence. Cette technique (appelée "transmission en série" ou simplement "transmission") sélectionne de manière intensive les virus adaptés au nouvel hôte ou au nouveau type de cellule (Herfst et al., 2012).
À première vue, il est peu probable que le RaTG13 ait évolué vers le CoV-2 du SRAS, car le RaTG13 est différent du CoV-2 du SRAS d'environ 1 200 nucléotides (3,8 %). Bien que le RaTG13 soit le virus le plus proche du CoV-2-SARS, cette différence de séquence représente encore une lacune considérable. Dans un communiqué de presse, le virologue évolutionniste Edward Holmes a suggéré que cet écart représente 20 à 50 ans d'évolution et d'autres ont suggéré des chiffres similaires.
Nous sommes d'accord sur le fait que des taux d'évolution ordinaires ne permettraient pas au RaTG13 d'évoluer vers le CoV-2 du SRAS, mais nous pensons également que les conditions à l'intérieur des poumons des mineurs étaient loin d'être ordinaires. Cinq facteurs majeurs spécifiques aux mineurs hospitalisés ont favorisé un taux d'évolution très élevé à l'intérieur de ceux-ci.
i) Lorsque les virus infectent de nouvelles espèces, ils subissent généralement une période d'évolution très rapide car la pression de sélection sur l'agent pathogène envahissant est élevée. Le phénomène d'évolution rapide chez les nouveaux hôtes est bien attesté chez les coronaires et autres virus (Makino et al., 1986; Baric et al., 1997; Dudas and Rambaut 2016; Forni et al., 2017).
ii) À en juger par leurs symptômes cliniques tels que les scanners, toutes les infections des mineurs concernaient principalement les poumons. Cette localisation s'est probablement produite au départ parce que les mineurs faisaient de l'exercice et inhalaient donc profondément le guano de chauve-souris perturbé. En tant que mineurs, il se peut qu'ils aient déjà eu des tissus pulmonaires endommagés (le patient 3 était soupçonné de pneumoconiose) et/ou que des particules étaient présentes qui ont irrité les tissus et ont pu faciliter l'entrée initiale du virus.
En revanche, les infections standard à coronavirus sont confinées à la gorge et aux voies respiratoires supérieures. Elles n'atteignent normalement pas les poumons (Perlman et Netland, 2009). Les poumons sont des tissus beaucoup plus volumineux en poids (kilos contre grammes) que les voies respiratoires supérieures. Il est donc probable qu'il y ait une quantité de virus beaucoup plus importante à l'intérieur des mineurs infectés que ce ne serait le cas lors d'une infection ordinaire par un coronavirus.
La comparaison d'une infection typique des voies respiratoires par un coronavirus avec l'étendue des poumons infectés chez les mineurs d'un point de vue purement mathématique indique l'ampleur potentielle de cette différence quantitative. L'appareil aérodigestif humain mesure environ 20 cm de long et 5 cm de circonférence, soit environ 100 cm2 de surface. La surface d'un poumon humain varie de 260 000 à 680 000 cm2 (Hasleton, 1972). La quantité de tissu potentiellement infecté dans un poumon moyen est donc environ 4500 fois plus importante que celle disponible pour une infection normale par un coronavirus. La quantité de virus présente dans les mineurs infectés, suffisante pour les hospitaliser tous et en tuer la moitié, était donc proportionnellement très importante.
L'évolution est en grande partie fonction de la taille de la population. Nous pensons que les poumons des mineurs supportaient une charge virale très élevée, ce qui a entraîné une évolution virale proportionnellement rapide.
De plus, selon la thèse de master, le système immunitaire des mineurs était compromis et le restait même pour ceux qui étaient renvoyés. Cette faiblesse de la part des mineurs peut également avoir favorisé l'évolution du virus.
iii) La durée de l'infection subie par les mineurs (en particulier les patients 2, 3 et 4) a largement dépassé celle d'une infection coronavirus ordinaire. Le patient 2, trop malade pour travailler dans la mine, a survécu 57 jours jusqu'à sa mort. Le patient 3 a survécu 120 jours après avoir arrêté de travailler. Le patient 4 a survécu 117 jours et a ensuite été libéré comme étant guéri. Chacun d'entre eux avait été exposé dans la mine pendant 14 jours avant l'apparition de symptômes graves ; on peut donc supposer que chacun d'entre eux a eu des infections naissantes pendant un certain temps avant de se déclarer malade (voir le tableau 2 de la thèse).
En revanche, dans le cas d'une infection à coronavirus ordinaire, l'infection virale est éliminée dans les dix à quatorze jours suivant son acquisition (Tay et al., 2020). Ainsi, contrairement à la plupart des personnes atteintes d'une infection à coronavirus, les mineurs hospitalisés ont eu des épisodes de maladie de très longue durée caractérisés par une charge virale élevée et continue. Dans le cas des patients 3 et 4, leur maladie a duré plus de 4 mois.
iv) Il est bien connu que les coronavirus se recombinent à des taux très élevés : 10% de toute la descendance d'une cellule peut être recombinante (Makino et al., 1986; Banner and Lai, 1991; Dudas and Rambaut, 2016). Dans l'évolution normale d'un virus, le taux de mutation et la pression de sélection sont les principaux centres d'attention. Mais dans le cas d'un coronavirus s'adaptant à un nouvel hôte, où de nombreuses mutations réparties sur tout le génome sont nécessaires pour s'adapter complètement au nouvel hôte, le taux de recombinaison est susceptible d'avoir une grande influence sur la détermination de la vitesse globale d'adaptation de la population virale (Baric et al., 1997).
À l'intérieur de l'organisme des mineurs, un grand tissu a été simultanément infecté par une population de virus mal adaptés, chacun d'entre eux étant donc soumis à une pression pour s'adapter. Même si la population de virus de départ manquait de diversité, de nombreux virus individuels auraient acquis des mutations indépendamment les uns des autres, mais seule une recombinaison aurait permis à ces mutations de s'unir dans le même génome. Pour se recombiner, les virus doivent être présents dans la même cellule. Dans une telle situation, les particularités des tissus pulmonaires deviennent potentiellement importantes car l'existence de voies respiratoires (bronches, etc.) permet à des virus partiellement adaptés provenant de populations virales indépendantes de voyager vers des parties distales du poumon (ou même vers l'autre poumon) et de rencontrer d'autres virus et populations partiellement adaptés de ce type. Ce mouvement autour des poumons aurait probablement entraîné ce qui constitue un effet de passage/transmission sans qu'il soit nécessaire pour un chercheur d'infecter de nouveaux tissus. En effet, dans la thèse de master, on observe à plusieurs reprises que des zones des poumons d'un patient spécifique semblent guérir même si d'autres parties des poumons sont infectées.
v) Les coronavirus des chauves-souris dans la mine présentaient également un certain nombre de particularités. Ils étaient anormalement abondants, mais il en existait aussi de nombreux autres types, qui provoquaient souvent des co-infections chez les chauves-souris (Ge et al., 2016). Les co-infections virales sont souvent plus infectieuses ou plus pathogènes (Latham et Wilson, 2007).
Comme l'ont fait remarquer les chercheurs de l'IVW à propos des chauves-souris dans la mine :
"Nous avons observé un taux élevé de co-infection avec deux espèces de coronavirus et d'infection inter-espèces avec la même espèce de coronavirus au sein ou entre les familles de chauves-souris. Ces phénomènes peuvent être dus à la diversité et à la forte densité des populations de chauves-souris dans la même grotte, facilitant les transmissions intra et inter-espèces de coronavirus, ce qui peut entraîner une recombinaison et une accélération de l'évolution des coronavirus". (Ge et al., 2016).
La diversité des coronavirus dans la mine suggère que les mineurs ont été exposés de la même manière et que leur maladie peut potentiellement avoir commencé par des co-infections.
En combinant ces observations, nous proposons que les poumons des mineurs offraient une opportunité sans précédent d'accélérer l'évolution d'un coronavirus fortement adapté aux chauves-souris en un coronavirus fortement adapté à l'homme et que des décennies d'évolution de coronavirus ordinaires auraient pu facilement se condenser en mois. Toutefois, nous reconnaissons que ces conditions étaient uniques. Elles et leur ampleur n'ont pas de précédent scientifique exact auquel nous puissions nous référer et elles seraient difficiles à reproduire en laboratoire ; il est donc important de souligner que notre proposition est pleinement conforme aux principes sous-jacents de l'évolution virale telle qu'elle est comprise aujourd'hui.
Pour étayer la théorie des PSM, nous savons aussi quelque chose sur les échantillons prélevés chez les mineurs. Selon la thèse de master, les échantillons ont été prélevés sur des patients pour la "recherche scientifique" et des échantillons de sang (au moins) ont été envoyés à l'IVW.
"Dans la phase ultérieure, nous avons travaillé avec le Dr Zhong Nan Shan et nous avons fait des prélèvements. Le patient* a été testé positif pour les IgM sériques par l'Institut de virologie WuHan. Cela a suggéré l'existence d'une infection virale" (p62 dans la section "Analyse complète").
(*L'original ne précise pas le nombre de patients testés).
Le mémoire de master regrette également qu'aucun échantillon pour la recherche n'ait été prélevé sur les patients 1 et 2, ce qui implique que des échantillons ont été prélevés sur tous les autres.
Nous savons en outre que, le 27 juin 2012, les médecins ont pratiqué une thymectomie inexpliquée sur le patient 4. Le thymus est un organe immunitaire qui peut potentiellement être enlevé sans nuire grandement au patient et il pourrait avoir contenu de grandes quantités de virus. Au-delà de cela, la thèse de master n'est malheureusement pas claire sur les spécificités de l'échantillonnage qui a été effectué, dans quel but et où chaque échantillon particulier est allé.
Étant donné l'intérêt du laboratoire de Shi pour les origines zoonotiques des maladies humaines, une fois qu'un tel échantillon leur a été envoyé, il aurait été évident et simple pour eux d'étudier comment un virus provenant de chauves-souris avait réussi à infecter ces mineurs. Tout virus récupérable chez les mineurs aurait probablement été considéré par eux comme une expérience naturelle unique de passage chez l'homme, offrant un aperçu sans précédent et autrement impossible à obtenir sur la façon dont les coronavirus de chauves-souris peuvent s'adapter à l'homme.
La suite logique de cette recherche serait de séquencer l'ARN viral extrait directement d'échantillons de tissus ou de sang non congelés et/ou de générer des clones infectieux vivants pour lesquels il serait utile (sinon impératif) d'amplifier le virus en le plaçant dans une culture de cellules humaines. L'une ou l'autre de ces techniques aurait pu conduire à l'infection accidentelle d'un chercheur de laboratoire.
Notre hypothèse quant à la raison du décalage entre le prélèvement des échantillons (en 2012/2013) et l'épidémie de COVID-19 est que les chercheurs attendaient la construction et la certification du laboratoire BSL-4, qui était en cours en 2013 mais qui a été reportée à 2018.
Nous proposons que, lorsque les échantillons congelés provenant des mineurs ont finalement été ouverts dans le laboratoire de Wuhan, ils étaient déjà hautement adaptés aux humains dans une mesure que les chercheurs n'avaient peut-être pas prévue. Une petite erreur ou une panne mécanique aurait pu conduire directement à la première infection humaine fin 2019.
Ainsi, l'un des mineurs, très probablement le patient 3, ou le patient 4 (dont le thymus a été enlevé), était en fait le patient zéro de l'épidémie de COVID-19. Dans ce scénario, le COVID-19 n'est pas un virus modifié ; mais, de même, s'il n'avait pas été transporté à Wuhan et qu'aucune recherche moléculaire supplémentaire n'avait été effectuée ou planifiée pour lui, le virus se serait éteint de causes naturelles, plutôt que de s'échapper pour déclencher la pandémie de COVID-19.
Preuves en faveur de la proposition de l'hypothèse du passage viral par les mineurs de la mine (PMM)
Notre proposition est conforme à tous les principaux faits incontestés concernant le SRAS-CoV-2 et son origine. L'hypothàse de PMM présente l'avantage supplémentaire de concilier de nombreuses observations concernant le SRAS-CoV-2 qui se sont avérées difficiles à concilier avec toute hypothèse de zoonose naturelle.
Par exemple, en utilisant différentes approches, de nombreux chercheurs ont conclu que la protéine du pic du SRAS-CoV-2 a une très grande affinité pour le récepteur ACE2 humain (Walls et al., 2020; Piplani et al., 2020; Shang and Ye et al., 2020; Wrapp et al., 2020). Ces affinités exceptionnelles, dix à vingt fois plus grandes que celles du virus original du SRAS, ne se produisent pas au hasard, ce qui rend très difficile à expliquer autrement que par le fait que le virus a été fortement sélectionné en présence d'un récepteur ACE2 humain (Piplani et al., 2020).
En outre, un rapport récent a révélé que le pic du RaTG13 se lie au récepteur humain de l'ACE2 (Shang et Ye et al., 2020). Nous avons proposé ci-dessus que le virus présent dans la mine infecte directement les cellules pulmonaires humaines. Le principal déterminant de l'infection cellulaire et de la spécificité d'espèce des coronavirus est la liaison initiale au récepteur (Perlman et Netland, 2009). Ainsi, le RaTG13, contrairement à la plupart des coronavirus de chauve-souris, peut probablement pénétrer et infecter les cellules humaines, ce qui donne une plausibilité biologique à l'idée que les mineurs ont été infectés par un coronavirus ressemblant au RaTG13.
En outre, le domaine de liaison au récepteur (RBD) du SRAS-CoV-2, qui est la région du pic qui entre en contact physique avec le récepteur ACE2 humain, a récemment été cristallisé pour révéler sa structure spatiale (Shang et Ye et al., 2020). Ces auteurs ont trouvé des similitudes structurelles étroites entre les pics du SARS-CoV-2 et du RaTG13 dans la façon dont ils se lient au récepteur ACE2 humain :
"Deuxièmement, comme pour le CoV-2-SARS, la RBM de la chauve-souris RaTG13 [une région de la RBD] contient un motif similaire à quatre résidus dans la crête de liaison de l'ACE2, ce qui soutient l'idée que le CoV-2-SARS peut avoir évolué à partir du RaTG13 ou d'un coronavirus de chauve-souris apparenté au RaTG13 (Extended Data Table 3 et Extended Data Fig. 7).
Troisièmement, les changements de résidus L486F, Y493Q et D501N du RaTG13 au CoV-2 du SRAS améliorent la reconnaissance de l'ACE2 et peuvent avoir facilité la transmission du CoV-2 du SRAS de la chauve-souris à l'homme (Extended Data Table 3 et Extended Data Fig. 7). Une mutation de la lysine à l'asparagine à la position 479 dans le RBD du CoV-2 du SRAS (correspondant à la position 493 dans le RBD du CoV-2 du SRAS) a permis au CoV-2 du SRAS d'infecter les humains.
Quatrièmement, le Leu455 contribue favorablement à la reconnaissance de l'ACE2, et il est conservé entre le RaTG13 et le CoV-2 du SRAS ; sa présence dans la RBM du CoV-2 du SRAS peut être importante pour la transmission de la chauve-souris à l'homme du CoV-2″(Shang et Ye et al., 2020).. (italiques ajoutées)
L'importance de cette similitude moléculaire est très grande. Les coronavirus ont développé un ensemble diversifié de solutions moléculaires pour résoudre le problème de la liaison de l'ACE2 (Perlman and Netland, 2009; Forni et al., 2017). Le fait que le RaTG13 et le SARS CoV-2 partagent la même solution fait du RaTG13 un ancêtre direct très probable du Sars-CoV-2.
Une autre caractéristique largement répandue du CoV-2 du SRAS est son site de furine (Coutard et al., 2020). Ce site est absent du RaTG13 et d'autres coronavirus étroitement apparentés. Le virus le plus étroitement apparenté à ce site est le MERS, hautement mortel (qui s'est déclaré en 2012). La possession d'un site de furine permet au SRAS-CoV-2 (comme le MERS) d'infecter les poumons et de nombreux autres tissus de l'organisme (tels que le tractus gastro-intestinal et les neurones), ce qui explique en grande partie sa létalité (Hoffman et al., 2020; Lamers et al., 2020). Cependant, aucune explication convaincante n'a encore été donnée sur la manière dont le SRAS-CoV-2 a acquis ce site. Nous suggérons qu'il est apparu en raison de la forte pression de sélection qui existait dans les poumons des mineurs et qui, en général, a permis au virus de s'adapter fortement aux poumons. Cette explication, qui englobe la manière dont le SRAS-CoV-2 en est venu à cibler les tissus pulmonaires en général, est un aspect important de notre proposition.
L'implication est donc que le site furinique n'a pas été acquis par recombinaison avec un autre coronavirus et représente simplement une évolution convergente (comme suggéré par Andersen et al., 2020).
Une autre possibilité intrigante est que le SRAS-CoV-2 a acquis son site furinique directement dans les poumons du mineur. Les humains possèdent une protéine du canal sodique épithélial appelée ENaC-a dont le site de clivage de la furine est identique à celui du SRAS-CoV-2 sur huit acides aminés (Anand et al., 2020). La protéine ENaC-a est présente dans les mêmes tissus épithéliaux des voies respiratoires et des poumons infectés par le CoV-2-SARS. On sait, grâce aux plantes, que les virus à ARN à brin positif se recombinent facilement avec les ARNm de l'hôte ( Greene and Allison, 1994; Greene and Allison, 1996 ; Lommel et Xiong, 1991 ; Borja et al., 2007). La même base de données n'est pas disponible pour les virus à ARN animal à brin positif (voir toutefois Gorbalenya, 1992), mais si les virus végétaux servent de guide, l'acquisition de leur site furinique par recombinaison avec l'ARNm qui code ENaC-a par le CoV-2 du SRAS est une forte possibilité.
Une autre caractéristique du SRAS-CoV-2 est l'évolution adaptative très limitée de son génome depuis le début de la pandémie (Zhan et al., 2020; van Dorp et al., 2020; Starr et al., 2020) . C'est un principe bien établi que les virus qui sautent d'une espèce à l'autre subissent un changement évolutif accéléré chez leur nouvel hôte (Baric et al., 1997). Ainsi, le SRAS et le MERS (tous deux coronavirus) ont subi une adaptation rapide et facilement détectable à leurs nouveaux hôtes humains ( (Forni et al., 2017; Dudas and Rambaut, 2016). Une telle période d'adaptation n'a pas été observée pour le CoV-2 du SRAS, même s'il a maintenant infecté beaucoup plus d'individus que le SRAS ou le MERS. Cela a même conduit à suggérer que le virus du SRAS-CoV-2 a connu une période de circulation cryptique chez l'homme des infections qui a précédé la pandémie (Chaw et al., 2020). La seule mutation qui s'est accumulée de manière constante au cours de plusieurs études est une substitution de D614G dans la protéine de pointe (Korber et al., 2020). L'analyse la plus importante numériquement des génomes du SRAS-CoV-2 n'a cependant trouvé aucune preuve d'une évolution adaptative, même pour le D614G (van Dorp et al., 2020).
L'observation générale est donc que le Sars-CoV-2 est resté fonctionnellement inchangé ou pratiquement inchangé (à l'exception de modifications génétiques sans conséquence) depuis le début de la pandémie. Il s'agit là d'une observation très importante. Elle implique que le SARS-CoV-2 est hautement adapté à travers l'ensemble de ses protéines constitutives et pas seulement au pic (Zhan et al., 2020). C'est-à-dire que son saut évolutif vers l'homme s'est achevé avant le début de la pandémie de 2019.
Il est difficile d'imaginer une explication à cette forte adaptabilité autre qu'une sorte de passage/transmission dans le corps humain (Zhan et al., 2020). Même le passage/transmission dans les cellules humaines n'aurait pas pu atteindre un tel résultat.
Deux exemples illustrent ce point. Dans le prolongement de Shang et Ye et al. (2020), un groupe similaire de chercheurs du Minnesota a identifié une stratégie distincte par laquelle la protéine de pointe (S) (qui contient le domaine de liaison au récepteur ; RBD) du CoV-2 du SRAS échappe au système immunitaire humain (Shang et Wan et al., 2020). Cette stratégie implique une dissimulation plus efficace de son récepteur RBD, mais elle implique également que le pic et le RBD évoluent en tandem et en présence du système immunitaire humain (c'est-à-dire dans un corps humain et non dans une culture de tissus).
Les auteurs Andersen et al., dans leur critique d'une possible origine artificielle du SRAS-CoV-2, soulignent également la nécessité d'un passage dans des humains :
"Enfin, il est peu probable que la génération des glycanes liés à l'O prévus se soit produite pendant le passage en culture cellulaire, car de telles caractéristiques suggèrent l'implication d'un système immunitaire" (Andersen et al., 2020).
Le dernier point que nous souhaitons souligner est que la principale thèse sur l'origine zoonotique est celle proposée par Andersen et al. Outre le fait qu'elle est mal étayée, cette thèse est très complexe. Elle nécessite deux sauts d'espèces, au moins deux événements de recombinaison entre des coronavirus assez éloignés les uns des autres et le transfert physique d'un pangolin (ayant une infection à coronavirus) provenant de l'extérieur de la Chine (Andersen et al., 2020). Même dans ce cas, elle ne fournit aucune explication logique de l'adaptation du CoV-2 du SRAS à l'ensemble de son génome ou de la raison pour laquelle le virus est apparu à Wuhan.
En revanche, notre proposition de PMM n'exige que le saut d'une espèce, ce qui est documenté dans la thèse de maîtrise (master). Bien que nous n'excluions pas un rôle possible pour les infections mixtes dans les poumons des mineurs, ni la possibilité de recombinaison entre des variantes étroitement liées dans ces poumons, ni l'acquisition potentielle du site de la furine à partir d'un ARNm hôte, seule une mutation était nécessaire pour dériver le SRAS-CoV-2 du RaTG13. D'où l'attention que nous avons portée précédemment à la figure de P. Zhou et al, 2020, qui montre que le RaTG13 est le virus le plus étroitement apparenté au CoV-2 du SRAS sur toute sa longueur. Cette similitude étendue est parfaitement cohérente avec une origine mutationnelle du CoV-2 du SRAS à partir du RaTG13.
En bref, la théorie PMM est une explication plausible et parcimonieuse de toutes les caractéristiques clés de la pandémie de COVID-19 et de son origine. Elle explique la propension des infections par le CoV-2 du SRAS à cibler les poumons, la nature apparemment préadaptée du virus et sa transmission des chauves-souris du Yunnan aux humains de Wuhan.
Autres questions
L'hypothèse selon laquelle le CoV-2 du SRAS a évolué dans les poumons des mineurs de Mojiang résout potentiellement de nombreuses questions scientifiques sur l'origine de la pandémie. Mais elle en soulève d'autres, qui concernent les raisons pour lesquelles ces informations n'ont pas encore été mises au jour. Les plus évidentes concernent les actions du laboratoire de Shi à l'IVW.
Pourquoi le laboratoire de Shi n'a-t-il pas reconnu la mort des mineurs dans aucun document décrivant des échantillons prélevés dans la mine (Ge et al., 2016 et P. Zhou et al., 2020) ? Pourquoi, dans le titre de l'article de Ge et al. 2016, le laboratoire de Shi a-t-il qualifié la mine de "mine abandonnée" ? Lorsqu'ils ont publié la séquence du RaTG13 en février 2020, pourquoi le laboratoire de Shi a-t-il donné un nouveau nom (RaTG13) au BtCoV/4991 alors qu'ils avaient déjà cité le BtCoV/4991 deux fois dans des publications et une fois dans une base de données de séquences génomiques et que leurs séquences provenaient du même échantillon et étaient identiques à 100 % (P. Zhou et al., 2020) ? S'il ne s'agissait que d'un changement de nom, pourquoi n'en ont-ils pas fait mention dans leur article de 2020 décrivant le RaTG13 (Bengston, 2020) ? Ces actions étranges et non scientifiques ont occulté les origines des plus proches parents viraux du SRAS-CoV-2, des virus qui sont soupçonnés d'avoir causé une maladie de type COVID en 2012 et qui pourraient être essentiels pour comprendre non seulement l'origine de la pandémie de COVID-19 mais aussi le comportement futur du SRAS-CoV-2.
Ce ne sont pas les seules actions douteuses associées à la provenance des échantillons de la mine. Cinq publications scientifiques ont signalé, très tôt dans la pandémie, des séquences entières du génome du CoV-2 du SRAS ( Chan et al., 2020; Chen et al., 2020; Wu et al., 2020; P. Zhou et al., 2020; Zhu et al., 2020). Bien que trois d'entre eux aient eu comme auteurs des biologistes de l'évolution virale expérimentés (George Gao, Zheng-li Shi et Edward Holmes), un seul d'entre eux (Chen et al., 2020) a réussi à identifier la séquence virale de loin la plus proche : BtCoV/4991, une séquence virale en possession du laboratoire de Shi à l'IVW qui ne différait du SARS-CoV-2 que par 5 nucléotides.
Comme nous l'avons noté dans notre article précédent (traduction française : ici) la plus importante des questions entourant les origines du SRAS CoV-2 pourrait être résolue par un simple examen des carnets de laboratoire complets et des dossiers de biosécurité des chercheurs concernés à l'Institut de recherche sur les maladies infectieuses. Maintenant qu'il existe une hypothèse crédible et vérifiable de fuite en laboratoire, cette tâche devient potentiellement beaucoup plus facile. Ce moment représente donc une opportunité de renouveler cet appel à une enquête indépendante et transparente de l'IVW.
En demandant une enquête, nous sommes conscients qu'aucune institution scientifique, où que ce soit, n'a fait une demande comparable. Nous pensons que cet échec sape la confiance du public dans une "réponse scientifique" à la pandémie. Au lieu de cela, l'établissement scientifique a qualifié la théorie de la fuite du laboratoire de "rumeur", de "théorie non vérifiée" et de "conspiration" alors que son nom propre est une hypothèse. En adoptant cette position, l'establishment scientifique a donné le message sans ambiguïté que les scientifiques qui prennent au sérieux la possibilité d'une origine de laboratoire mettent leur carrière en danger. Ainsi, alors que d'innombrables publications scientifiques sur la pandémie affirment dans leurs introductions qu'une origine zoonotique pour le SRAS-CoV-2 est une question de fait ou de quasi-certitude (et Andersen et al a 860 citations au 14 juillet), il n'y a toujours pas un seul article scientifique publié affirmant qu'une évasion de laboratoire est même une hypothèse crédible qui mérite d'être examinée.
Quiconque doute de cette pression devrait lire l'interview de Birger Sørensen dans le magazine norvégien Minerva, dans laquelle Sørensen évoque la "réticence" des journaux à publier son évaluation selon laquelle l'existence d'un virus "exceptionnellement bien adapté pour infecter les humains" est "suspecte" et "ne peut avoir évolué naturellement". Selon Sørensen, la source de cette réticence n'est pas la rationalité ou les preuves scientifiques. Elle résulte de conflits d'intérêts. Cela reflète notre expérience. Pour trouver une analyse véritablement critique des théories sur l'origine du COVID-19, il faut se rendre sur Twitter, sur les blogs et sur les serveurs de préimpression. Le malaise est profond lorsque même les scientifiques commencent à se plaindre de ne pas faire confiance à la science.
Nous espérons néanmoins que les journalistes enquêteront sur certains des conflits d'intérêts qui empêchent les scientifiques et les institutions d'étudier correctement l'hypothèse d'une fuite virale du laboratoire.
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