Blog contre le racisme, le (néo)colonialisme et l'impérialisme

Omicron décroche le jackpot de la mutation (SPR)

par SPR 29 Novembre 2021, 19:17 Omicron Mutation Coronavirus Articles de Sam La Touch

Omicron décroche le jackpot de la mutation
Swiss Policy Research, 28.11.21

Variantes de coronavirus : échappement des classes d'anticorps 1 à 3 (SPR, basé sur Greaney et al. ) Exemple : K417N décrit un changement d'acide aminé à la position du codon 417 de la lysine (K) à l'asparagine (N).

La variante sud-africaine d'Omicron est la première variante de coronavirus à obtenir une évasion immunitaire des trois principales classes d'anticorps. Est-il enfin temps de paniquer ?

En juillet, SPR a présenté un cadre, développé par le laboratoire Bloom, pour identifier facilement le potentiel d'évasion immunitaire de nouvelles variantes de coronavirus sur la base de trois classes d'anticorps majeures ciblant le domaine de liaison au récepteur du coronavirus (voir le tableau mis à jour ci-dessus).

À l'époque, nous avons noté qu'aucune des variantes de coronavirus existantes n'avait réussi à s'échapper des trois principales classes d'anticorps, bien que des variantes d'Afrique du Sud (Beta), du Brésil (Gamma), du Népal (Delta +) et du Pérou (Lambda) se soient déjà échappées deux des trois classes d'anticorps.

Nous avons également noté qu' «une telle variante à triple évasion pourrait arriver à l'automne ou à l'hiver prochain et pourrait potentiellement entraîner une augmentation des taux de percées vaccinales et de réinfections, en particulier dans les régions qui n'ont pas encore été confrontées aux variantes d'évasion de classe 2 brésiliennes ou sud-africaines. "

Le nouveau variant Omicron , détecté il y a à peine une semaine en Afrique du Sud, est maintenant devenu le premier variant à obtenir une telle évasion immunitaire des trois principales classes d'anticorps, y compris une double mutation dans l'importante région de classe 2 du domaine de liaison au récepteur (voir tableau ci-dessus).

Bien que les résultats finaux ne soient pas encore disponibles, cela signifie probablement que les vaccins contre les coronavirus existants , qui sont toujours basés sur la variante originale de Wuhan 2019, auront une efficacité de neutralisation nettement inférieure - mais pas nulle - contre la variante Omicron.

L'immunité naturelle contre la réinfection peut également diminuer, en particulier dans les endroits qui n'ont pas encore été confrontés aux variantes d'évasion de « classe 2 » brésiliennes ou sud-africaines, ce qui est le cas en Europe, aux États-Unis et en Asie. Néanmoins, l'immunité naturelle est susceptible de rester plus forte que l'immunité induite par le vaccin, en raison d'une réponse anticorps plus large, d'une réponse lymphocytaire T plus forte et d'une immunité muqueuse de première intention.

Outre l'évasion immunitaire, le deuxième aspect clé de toute nouvelle variante est la transmissibilité : la variante Omicron pourra-t-elle déplacer les variantes existantes et s'affirmer ? La variante sud-africaine précédente (Beta) n'a pas pu déplacer Delta, mais des données récentes (préliminaires) d'Afrique du Sud indiquent qu'Omicron a complètement déplacé Delta en seulement deux semaines (voir aussi : CoVariants.org ).

La vague du delta sud-africain avait déjà pris fin fin octobre, mais les infections locales ont en effet de nouveau augmenté depuis la mi-novembre. Cependant, en raison des différences d'immunité des populations, un nouveau variant n'a pas besoin d'être plus infectieux pour remplacer un variant précédent : les variants du virus de la grippe se déplacent sans cesse sans augmenter leur infectiosité (absolue).

Le troisième aspect clé est la virulence et la gravité de la maladie, qui sont principalement déterminées par l'affinité de liaison au récepteur (voir la figure ci-dessous). Il n'y a actuellement aucune preuve qu'Omicron est plus virulent que les variantes précédentes. En fait, les différences cliniques réelles entre les variantes du coronavirus (y compris Delta) ont jusqu'à présent été beaucoup plus faibles que ne le prétendent souvent divers organes de presse.

En conclusion , Omicron a certainement le potentiel de s'établir, bien qu'il puisse faire face à la concurrence continue de certaines sous-variantes Delta . Sur la base des preuves actuelles, Omicron ne semble pas faire beaucoup de différence en termes de gravité de la maladie, de transmission ou de groupes à risque de covid , mais il semble probable que les vaccins devront être mis à jour pour maintenir une efficacité élevée.

Comme indiqué en juillet, le nouveau coronavirus a déjà joué plusieurs de ses meilleures « cartes » en termes de mutations d'échappement immunitaire. En termes d'affinité de liaison au récepteur, il reste quelques options supplémentaires (voir les graphiques ci-dessous). L'arrivée de variantes d'échappement immunitaire souligne une nouvelle fois l'importance d' un traitement ambulatoire précoce des patients covid à haut risque, quel que soit leur statut vaccinal...